کاربر:Z Ehyaei/صفحه تمرین: تفاوت میان نسخه‌ها

بدون خلاصۀ ویرایش
بدون خلاصۀ ویرایش
بدون خلاصۀ ویرایش
اولین قدم در تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی پیدا کردن بهترین [[مدل‌های سیر تکاملی دی‌ان‌ای|مدل‌ جایگزین سیر تکاملی دی‌ان‌ای]] برای [[هم‌ترازسازی چند توالی]] می باشد. برای یافتن این مدل می توان از الگوریتم هایی مانند IQTREE <ref>{{Cite journal|last=Nguyen|first=Lam-Tung|last2=Schmidt|first2=Heiko A.|last3=von Haeseler|first3=Arndt|last4=Minh|first4=Bui Quang|date=2015-01-01|title=IQ-TREE: A Fast and Effective Stochastic Algorithm for Estimating Maximum-Likelihood Phylogenies|journal=Molecular Biology and Evolution|volume=32|issue=1|pages=268–274|doi=10.1093/molbev/msu300|issn=0737-4038|pmc=4271533|pmid=25371430}}</ref> و یا MEGA<ref>{{Cite journal|last=Kumar|first=Sudhir|last2=Stecher|first2=Glen|last3=Tamura|first3=Koichiro|date=2016-07-01|title=MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets|journal=Molecular Biology and Evolution|volume=33|issue=7|pages=1870–1874|doi=10.1093/molbev/msw054|issn=1537-1719|pmid=27004904|doi-access=free}}</ref> استفاده کرد.
==== استنتاج فیلوژنی ====
روش های مختلف برای استنباط فیلوژنی ها وجود دارد. این روش ها شامل الگوریتم های ساخت درخت مانند [[روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی]]، [[اتصال-همسایگی]]، [[بیشینه صرفه‌جویی (تبارزایی)]]، [[برآورد درست‌نمایی بیشینه]] و [[استنباط بیزی]] می باشد.<ref name=":1" />
=== آزمون فرضیه ===
==== ارزیابی ====
آزمون درخت تکامل نژادی به دست آمده از نظر قابلیت اطمینان، یک قدم مهم در فیلودینامیک محسوب می شود. از روش های آزمایش قابلیت اطمینان درخت می توان به این موارد اشاره کرد: [[بوت‌استرپینگ (آمار)]]، [[برآورد درست‌نمایی بیشینه]] و [[احتمال پسین]] در [[استنباط بیزی]].<ref name=":1" />
==== استنباط فیلودینامیک ====
روش های مختلفی برای ارزیابی قابلیت اطمینان فیلودینامیک یک مجموعه داده استفاده می شود. این روشها شامل تخمین [[ساعت مولکولی]] مجموعه داده ها ، تاریخچه جمعیتی ، ساختار جمعیت ، [[شارش ژن]] و تجزیه و تحلیل انتخاب هستند.<ref name=":1" /> نتایج فیلودینامیکی یک مجموعه داده می تواند به طراحی بهتر مطالعات آتی کمک کند.
 
== جستارهای وابسته ==
۱۲۴

ویرایش