نخستین خزندگان حقیقی در ۱۹۰ تا ۲۰۰ میلیون سال پیش در [[ژوراسیک]] پدیدار شدند و خزندگان بزمجهشکل در حدود ۱۰۰ میلیون سال پیش در کرتاسه پا بر روی زمین گذاشتند. در [[کرتاسه پسین]]، [[بزمجهواران|بزمجهوارها]] به شکل گستردهای در صفحه ی [[لوراسیا]] و [[آسیای مرکزی]] پراکنده شده بودند. بالاخانواده بزمجهواران تنها گروهی از [[مارشکلان]] بود که توانست در قارههای جنوبی گسترش پیدا کند، اعضای این تیره اغلب از حشرات بزرگ و پستانداران ریزجثه تغذیه میکردند. [[مار]]ها و [[موساسوریان]] نزدیکترین خویشاوندان این گروه هستند.<ref>{{پک|Murphy|Ciofi|de la Panouse|Walsh|2002|ک=Komodo Dragon|ص=۲۴|زبان=en |کد زبان= en}}</ref>
بررسیها<!--ی کینگ (۱۹۹۰)--> بر روی ۳۱ [[آرایه (زیستشناسی)|آرایه]] مرتبط با تیرهٔتیره ی [[بزمجهایان]] نشان میدهد که این تیره در حدود ۴۰ میلیون سال پیش در آسیا به وجود آمد و پژوهشهای <!--توسط باورستاک (۱۹۹۳)--> مشابه دیگر حاکی از این است که خاستگاه این تیره در [[آسیای جنوب شرقی]] بودهاست.<ref>{{پک|Murphy|Ciofi|de la Panouse|Walsh|2002|ک=Komodo Dragon|ص=۲۵|زبان=en |کد زبان= en}}</ref> حدود ۱۵ میلیون سال پیش، برخوردی بین استرالیا و آسیای جنوب شرقی به بزمجهایان اجازه داد تا به سرزمینی که امروزه به آن [[جزایر اندونزی|مجمعالجزایر اندونزی]] میگویند مهاجرت کنند، پس از آن محدودهٔ زندگی آنها از شرق تا [[جزیره تیمور]] نیز امتداد یافت. در گذشته باور بر این بود که اژدهای کومودو در ۴ میلیون سال پیش از اجداد استرالیایی خود جدا شد، اما شواهد سنگوارهای تازه یافتشده در [[کوئینزلند]] نشان میدهد که اژدهای کومودو پیش از پخش شدن در اندونزی، در استرالیا [[فرگشت]] یافته بود.<ref>{{پک|Hocknull|Piper|van den Bergh|Due|2009|ف=Dragon's Paradise Lost|ص=|زبان=en |کد زبان= en}}</ref> کاهش قابل توجه سطح دریا در [[آخرین عصر یخبندان|واپسین عصر یخبندان]]، قطعههای بزرگی از بسترهای قارهای را برهنه کرد که باعث شد اژدهای کومودو وارد آنها شود ولی پس از آنکه سطح دریا با ذوب شدن یخها بالا رفت، آنها در جزیرهٔ فعلی خود منزوی شدند.<ref>{{پک|Hocknull|Piper|van den Bergh|Due|2009|ف=Dragon's Paradise Lost|ص=|زبان=en |کد زبان= en}}</ref> سنگوارههایی از کومودوها مربوط به ۹۰٬۰۰۰ سال پیش در فلورس یافت شدهاست،<ref>{{پک|Ciofi|2004|ک=Varanoid Lizards of the World|ص=199|زبان=en}}</ref> مقایسه تغییرات تاریخی سطح آب دریا و دادههای ژرفاسنجی نیز نشان داد که جزیره کومودو در ۱۳۵٬۰۰۰ تا ۱۸٬۰۰۰ سال پیش به جزایر شرقی خود متصل بودهاست. از سوی دیگر، فلورس و رینکا اکثراً در طول ۱۴۰٬۰۰۰ سال گذشته تا پایان واپسین عصر یخبندان به هم وصل بودهاند.<ref>{{پک|Ciofi|2004|ک=Varanoid Lizards of the World|ص=203|زبان=en}}</ref>
نزدیکترین خویشاوندان اژدهای کومودو، [[بزمجه آبی]] و [[بزمجه مشبک]] هستند.<ref>{{پک|Murphy|Ciofi|de la Panouse|Walsh|2002|ک=Komodo Dragon|ص=۲۶|زبان=en |کد زبان= en}}</ref>