از اواخر سال ۲۰۰۴ تا ژانویه ۲۰۰۵ با هنرپیشه [[ایران]]ی-[[بریتانیا]]یی [[نازنین بنیادی]] رابطه داشت که به دلیل بداخلاقیهای تام کروز پایان یافت.
در سال ۲۰۰۵ با [[کیتی هولمز]] هنرپیشه آمریکایی آشنا شد و مدتی بعد بر فراز [[برج ایفل]] به وی پیشنهاد ازدواج داد. مراسم [[عروسی]] آنها در ۱۸ نوامبر ۲۰۰۶ در [[براچیانو]] [[ایتالیا]] برگزار شد. این زوج هنری به اختصار با عنوان «[[تام کت]]» نیز شناخته میشوند. پیش از آن در ماه آوریل همان سال نخستین فرزند آنها به دنیا آمد که نام «سوری» (به معنای [[شاهزاده]] در [[زبان عبری]] و [[رز]] قرمز در [[زبان پارسی]]) را برای وی برگزیدند.<ref>{{cite news|url=http://articles.latimes.com/2006/apr/19/local/me-holmes19|title=Girl Is Born to Stars Holmes, Cruise|date=April 19, 2012|work=Los Angeles Times|accessdate=2012-07-03|page=B3|archiveurl=https://web.archive.org/web/20140221092644/http://articles.latimes.com/2006/apr/19/local/me-holmes19|archivedate=February 21, 2014|deadurl=no|df=}}</ref> سوری نخستین فرزند تنی تام و کِیتی است و سومین فرزند تام کروز به حساب میآید.
در ۲۹ ژوئن ۲۰۱۲ و پس از پنج سال زندگی مشترک اعلام شد که هلمز روند قانونی [[طلاق]] از تام کروز را در [[نیویورک]] آغاز کردهاست.<ref>{{cite news|url=http://marquee.blogs.cnn.com/2012/06/29/report-tom-cruise-katie-holmes-set-to-divorce/?|title=Tom Cruise, Katie Holmes to divorce|date=June 29, 2012|publisher=CNN Entertainment|accessdate=June 29, 2012}}</ref><ref>{{cite news|url=http://www.people.com/people/article/0,,20608003,00.html|title=Tom Cruise and Katie Holmes Are Divorcing|last=Heyman|first=J.D.|date=June 29, 2012|work=People|accessdate=June 29, 2012}}</ref> وکلای این زوج تا ژوئیه ۲۰۱۲ به توافق رسیدند. هلمز و کروز توافق کردهاند که سوری نزد مادرش زندگی کند.<ref name=":2">{{cite news|url=http://www.nypost.com/p/news/national/cruise_god_squad_XHTokIuxX47ZHdFlsVbhBJ#ixzz1zSpnaqMe|title=Katie's Cruise kidnap fear as 'Scientology' goons eye building|author=C.J. Sullivan, Ian Mohr and Larry Celona|first=|date=July 2, 2012|work=New York Post|accessdate=2012-07-02|archiveurl=https://web.archive.org/web/20120703210144/http://www.nypost.com/p/news/national/cruise_god_squad_XHTokIuxX47ZHdFlsVbhBJ#ixzz1zSpnaqMe|archivedate=July 3, 2012|deadurl=no|df=}}</ref><ref name=":3">{{cite web|url=http://www.capitalnewyork.com/article/politics/2012/07/6123880/councilman-katie-holmes-thugs-we-dont-allow-people-be-harassed-new-?politics-bucket-headline|title=Councilman on Katie Holmes 'thugs': 'We don't allow people to be harassed in New York City{{'-}}|date=July 2, 2012|accessdate=2012-07-15|publisher=Capital New York|author=Azi Paybarah|archiveurl=https://web.archive.org/web/20131104235311/http://www.capitalnewyork.com/article/politics/2012/07/6123880/councilman-katie-holmes-thugs-we-dont-allow-people-be-harassed-new-?politics-bucket-headline|archivedate=۴ نوامبر ۲۰۱۳|deadurl=yes|df=}}</ref>
== ساینتولوژی ==
در هنگام فیلمبرداری همین فیلم روزهای تندر، کروز با [[نیکول کیدمن]] آشنا شد. این آشنایی به ازدواج آن دو انجامید. اما کلیسای ساینتولوژی از این ازدواج خشنود نبود. زیرا پدر نیکول کیدمن یک [[روانشناس]] پرآوازه بود و کیدمن رابطه خوبی با پدر خود داشت. بنابرین برای کلیسای ساینتولوژی، مشکل بالقوه به حساب میآمد.<ref name=":1"/>
از سوی دیگر بزرگترین مایه رنجش نیکول کیدمن دیده شدن تام کروز شبیه دیوید میسکویج بود. تام کروز بنابر درخواست نیکول از [[کلیسا]] جدا شد و بین سالهای ۱۹۹۲ تا ۲۰۰۱ از کنشگری برای کلیسای ساینتولوژی دست کشید. در هنگام فیلمبرداری فیلم [[چشمان کاملاً بسته]] کروز و کیدمن یک سال در [[انگلستان]] زندگی کردند. میسکویج از این به خشم میآمد که کروز اصلاً با او تماس نمیگرفت؛ بنابراین همه تلاش خود برای بازگرداندن کروز به کار گرفت. [[مایک ریندر]] مسئول جلسههای بازرسی از تام کروز شد و در عرض ۳ سال دهها جلسه اعتراف با تام کروز برگزار کرد. از سوی دیگر با استخدام یک [[کارآگاه خصوصی]] زندگی نیکول کیدمن را زیر نظر گرفت و حتی در خانه کیدمن دستگاه [[شنود]] جاسازی کرد. سپس نوارهای ضبط شده به دست میسکویج میرسیدند. با دادن بخشهایی از این نوارها به کروز، او را به کیدمن بدبین میکردند.<ref name=":1"/>
در گام بعدی، کلیسا تلاش کرد تا بچههای تحت سرپرستی را علیه مادرخواندهشان گرداند و کروز بتواند سرپرستی آنها را بدست آورد. مأموران کلیسا [[نیکول کیدمن]] را در چشم بچههایش فردی سرکوبگر و مخالف کلیسا نشان میدادند. خود دیوید میسکویج در شعلهور کردن هراس و همزمان غرور کروز [و دیگر انسانها] مؤثر بود. در اوایل سال ۲۰۰۱ در نتیجه این تلاشها تام کروز از کیدمن جدا شد.<ref name=":1"/>
=== منافع دو طرفه ===
کروز منفعت زیادی برای کلیسا داشت. او مردم بیشتری را جذب کلیسا کرده و قدرت بیشتری برای کلیسای ساینتولوژی و دیوید میسکویج فراهم میکرد. در سال ۲۰۰۴ بخاطر توسعه کلیسا، دیوید میسکویج به تام کروز مدال آزادی شجاعت داد و یک فیلم ۳۵ دقیقهای از او ساخته شد که او را سفیر ساینتولوژی در جهان نشان میداد. کروز در این فیلم شخصی متکبر و غیرقابل انتقاد بوده که همزمان مانند یک دیوانه [[پارانویا]] رفتار میکند.<ref name=":1"/>
کروز از عضویت خود و نیروی کار رایگان اعضای [[سازمان دریانوردی]] کاملاً سود میبرد. [[کلیسای ساینتولوژی]] هر گونه [[خانه]]، [[خودرو]]، [[موتورسیکلت]]، [[هواپیما]]ی شخصی، و تجهیزات صوتی تصویری را برای تام کروز فراهم میکرد.<ref name=":1"/>
=== نازنین بنیادی ===
هنگامی که تام کروز برای گشایش یک کلیسای جدید در مادرید اسپانیا بود به نداشتن یک [[دوستدختر]] شکایت میکرد. کلیسا نیز [[نازنین بنیادی]] هنرپیشه [[ایران]]ی-بریتانیایی را برای او انتخاب کرد.<ref>Wright, Lawrence. ''Going Clear: Scientology, Hollywood, and the Prison of Belief''. 2013<!-- Alfred A. Knopf, 978-0-3077-0066-7, pages 356-362 Retrieved 5 January 2018--></ref>
در اواخر سال ۲۰۰۴ آنها زندگی با یکدیگر را آغاز کردند. در آغاز تام کروز بسیار [[رمانتیسم|رمانتیک]] بود. اما در مدت کوتاهی، بسیار خشن و بداخلاق شد. هنگامی که [[دیوید میسکویج]] به مهمانی آنها رفت نازنین بیمار بود و به حضور مسکویج توجهی نشان نداد. اینکار موجب خشم مسیکویج شد. روز پس از آن کروز با مشت بر میز کوبیده و نازنین را متهم به توهین به رهبر کلیسا کرد. دو هفته بعد در ژانویه [[۲۰۰۵ میلادی|۲۰۰۵]] به نازنین اطلاع دادند که رابطه اش با تام کروز تمام شدهاست. اعضای ساینتولوژی به خانه بنیادی رفته و همه تصاویر مشترک و نامههای او با کروز را با خود بردند. هنگامی که بنیادی از بدرفتاری میسکویج و کروز با دوست ساینتولوژیست خود درد دل کرد او این مسئله را فوراً گزارش داد. برای مجازات، بنیادی را به شستن [[دستشویی|دستشوییها]] با [[مسواک]] مجبور کردند.<ref name=":1"/><ref>{{cite news|url=http://www.vanityfair.com/online/daily/2012/09/tom-cruise-scientology-marriage-katie-holmes|title=Tom Cruise's Scientology Marriages: The Secret Wife-Auditioning Process Before Katie Holmes, Revealed|date=September 1, 2012|work=Vanity Fair|accessdate=September 5, 2012}}</ref> کلیسای ساینتولوژی بنیادی را مجبور به امضای [[پیماننامه عدم افشا]] کرد. خودِ کلیسا و وکیل تام کروز این موضوع را رد میکنند.<ref>{{cite news|url=https://www.independent.co.uk/news/world/americas/scientology-threatens-vanity-fair-over-tom-cruise-auditions-claims-8122450.html|title=Scientology threatens Vanity Fair over Tom Cruise 'auditions' claims|last=Adams|first=Guy|date=September 11, 2012|newspaper=The Independent|accessdate=September 12, 2012|location=London|quote=Citing a mixture of "shoddy journalism" and "religious bigotry," the Church of Scientology is threatening to sue Vanity Fair over a recent article claiming that it helped "audition" young actresses to find a suitable girlfriend for Tom Cruise.}}</ref><ref>{{cite news|url=http://www.showbiz411.com/2012/09/02/oscar-winner-paul-haggis-on-tom-cruise-scientology-girlfriend|title=Exclusive: Oscar Winner Paul Haggis on Tom Cruise Scientology Girlfriend: 'I'm appalled that any church would treat its parishioners this way{{'-}}|last=Friedman|first=Roger|date=September 2, 2012|accessdate=September 5, 2012|website=Showbiz411.com}}</ref> اما [[پل هگیس]] این موضوع را تأیید کرد.<ref>{{cite news|url=http://www.cbsnews.com/8301-207_162-57506112/tom-cruise-lawyer-on-vanity-fair-expose-tired-old-lies/|title=Tom Cruise lawyer on Vanity Fair expose: 'Tired old lies{{'-}}|last=|first=|date=September 5, 2012|work=|publisher=CBS News|accessdate=September 5, 2012}}</ref>
دیوید میسکویج ادعا میکند که هیچگاه در زندگی کروز دخالت نکرده و هرگز برای او دنبال [[دوستدختر]] نبودهاست.<ref name=":1"/>
=== کیتی هلمز ===
|