صفی علیشاهصفی‌علی‌شاه در روز چهارشنبه، ۲۴ [[ذی الحجه]] سال ۱۳۱۶ هجری قمری، و در سن ۶۵ سالگی، در خانقاه خویش که در سال‌های پایانی عمرش، به صورت منزل شخصی او درآمده بود، درگذشت و در همان خانقاه به خاک سپرده شد.<ref name=ToolAutoGenRef4>شرح حال رجال ایران، اثر: مهدی بامداد، چاپ اول، جلد اول، صفحه: ۳۴۱</ref>
این خانقاه را سیف الدوله که از مریدان صفی علیشاه بود وقف نمود، مریدان و ارادتمندان صفی علیشاه، در روزهای یکشنبه به هنگام عصر در آن خانقاه جمع می‌شوند تا، رشتهٔ اخوت و ارتباط قلبی و روحانی خویش را، تقویت نمایند.<ref name="ReferenceC" />
پس از مرگ صفی علیشاهصفی‌علی‌شاه و بنا به وصیت او، [[علیخانعلی‌خان ظهیرالدوله]] با لقب صفاعلیشاهصفاعلی‌شاه به جانشینی وی برگزیده شد.<ref name="ReferenceB" />
