پس از تشکیل [[دولت تدبیر و امید]]، در روز یکشنبه دهم شهریورماه ۱۳۹۲ با حکم [[جعفر توفیقی]]، سرپرست [[وزارت علوم، تحقیقات و فناوری]] [[حسین سلیمی]] به عنوان [[سرپرست دانشگاه]] علامه طباطبایی تعیین شد.<ref>[http://fararu.com/fa/news/159/ک7ی-شریعتی شریعتی - فرارو]</ref><ref>http://www.mehrnews.com/detail/News/2127653</ref> وی دومین رئیس دانشگاه بود که با آغاز فعالیت دولت جدید بر کناربرکنار شد. وی پس از برکناری در مصاحبه‌ای با کیهان<ref>{{یادکرد وب|عنوان=اتهام‌زنی دوباره صدرالدین شریعتی به استادان دانشگاه علامه|نشانی=http://www.radiofarda.com/content/f9_shariati_former_president_allameh_universiti_remarks_retired_professors/25096412.html|ناشر=رادیو فردا|تاریخ=۱۴ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> دلیل برکناری استادان دانشگاه را ارتباط آنان با دختران مردم دانست. همچنین گفت: «خدا می‌داند چه صحنه‌هایی دارم که اگر بگویم استخوان‌ها می‌ترکد.»<ref>{{یادکرد وب|عنوان=ادعاهای سنگین شریعتی علیه استادان علامه|نشانی=http://isna.ir/fa/news/92061308235/ادعاهای-سنگین-شریعتی-علیه-استادان-علامه|ناشر=ایسنا|تاریخ=۱۳ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> پس از برکناری وی [[حسین شریعتمداری]] سرمقاله‌نویس [[کیهان]] به صراحت [[حسن روحانی]] رئیس‌جمهوری اسلامی را مورد حمله قرار داد و نوشت: «باید از جناب روحانی پرسید، آن کلید کذایی که در تبلیغات ریاست جمهوری به مردم نشان دادید و بعدها نیز بارها به آن اشاره فرمودید، کلید حل مشکلات بود یا سوئیچ‌بولدوزر؟! چرا که کار از «داس» و امثال آن گذشته‌است.»<ref>{{یادکرد وب|عنوان=کلید بود یا سوئیچ بولدوزر؟! (یادداشت روز)|نشانی=http://www.kayhan.ir/920612/2.htm#N200|ناشر=روزنامه کیهان|تاریخ=۱۲ شهریور ۱۳۹۲|accessdate=۱۷ سپتامبر ۲۰۱۳|archiveurl=https://web.archive.org/web/20130905104511/http://www.kayhan.ir/920612/2.htm#N200|archivedate=۵ سپتامبر ۲۰۱۳|dead-url=yes}}</ref> [[حمیدرضا آیت‌اللهی]] رئیس [[پژوهشگاه علوم انسانی]] و استاد فلسفه دانشگاه علامه طباطبایی در نامه‌ای سرگشاده دست به افشاگری زد و گفت: «نکند آن دانشجویانی که برای ایشان جاسوسی می‌کرده‌اند برای آنکه استادی در قبال خواسته ناحق آن‌ها مقاومت کرده بود برای انتقام، چنین اتهام‌هایی را مطرح کرده‌اند تا هم نمره‌ای به دست آورند و هم بتوانند در دوره‌های بالاتر بدون آزمون وارد شوند؟ واقعاً چند مورد از آن اتهام‌هایی که ایشان زده‌اند در دادگاه صالحه محکومیت یافته‌است؟».<ref>{{یادکرد وب|عنوان=انتقاد شدید رئیس پژوهشگاه علوم انسانی از شریعتی|نشانی=http://isna.ir/fa/news/92061912107/انتقاد-شدید-رئیس-پژوهشگاه-علوم-انسانی-از|ناشر=ایسنا|تاریخ=۱۹ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> همچنین مصاحبه شریعتی با واکنش بیش از ۱۳۰ استاد دانشگاه علامه مواجه و با محکوم کردن این اظهارات موهن، خواستار تشکیل کمیه حقیقت یابحقیقت‌یاب شدند.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=اعتراض استادان دانشگاه علامه به هتک حرمت استادان و دانشجویان|نشانی=http://fararu.com/fa/news/162563/اعتراض-استادان-دانشگاه-علامه-به-هتک-حرمت-استادان-و-دانشجویان|ناشر=فرارو|تاریخ=۲۵ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> همچنین این استادان از [[جعفر توفیقی]] به دلیل بر کناریبرکناری شریعتی تشکر کردند.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=تقدیر استادان دانشگاه علامه از جعفر توفیقی|نشانی=http://fararu.com/fa/news/162562/تقدیر-استادان-دانشگاه-علامه-از-جعفر-توفیقی|ناشر=فرارو|تاریخ=۲۵ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> حسین سلیمی در روز تودیع و معارفه اعلام کرد در حوزه علمی در برخی از زمینه‌ها تبدیل به آموزشگاه شده‌ایم در حالی که ما باید دانشگاه باشیم.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=سلیمی: «علامه» آموزشگاه شده است|نشانی=http://fararu.com/fa/news/162803/سلیمی-علامه-آموزشگاه-شده-است|ناشر=فرارو|تاریخ=۲۷ شهریور ۱۳۹۲}}</ref> شریعتی در این مراسم شرکت نکرد.
