به گفتهٔ هرودوت، هووخشتره نوهٔ [[دیاکو]] و فرزند [[فرورتیش]] بود.<ref>{{پک|Lendering|ک=CYAXARES|رف=Cyaxares|زبان=en}}</ref> دربارهٔ نام پدر هووخشتره اختلاف‌نظرهایی در میان پژوهشگران وجود دارد؛ [[جورج کامرون]] عقیده دارد که نام دومین شاه ماد،[[پادشاهی ماد|ماد]]، پدر هووخشتره، می‌بایست [[خشتریته]] بوده باشد.<ref>{{پک|کامرون|۱۳۶۵|ک=ایران در سپیده‌دم تاریخ|ص=۱۳۴}}</ref> همسر هووخشتره، دختر (و یا نوهٔ) نبوپلسر پادشاه بابل بود<ref>{{پک|Diakonoff|۱۹۹۴|ک=CYAXARES|زبان=en}}</ref> اما مشخص نیست که این شاهدخت، یگانه همسر وی بوده‌باشد. پسر وی [[ایشتوویگو]] نام داشت که آخرین پادشاه ماد بود.<ref>{{پک|Lendering|ک=CYAXARES|رف=Cyaxares|زبان=en}}</ref><ref>{{پک|Diakonoff|۱۹۹۴|ک=CYAXARES|زبان=en}}</ref> [[امیتیس]] دختر یا نوهٔ هووخشتره (دختر ایشتوویگو) بود که بعد از سقوط آشور در سال ۶۱۴ پیش از میلاد ازدواجی سیاسی بین وی و [[بخت نصر|بخت‌نصر دوم]]، پسر نبوپلسر، جهت مستحکم‌تر کردن اتحاد بابل و ماد صورت گرفت.<ref>{{پک|Lendering|ک=CYAXARES|رف=Cyaxares|زبان=en}}</ref><ref>{{پک|دیاکونوف|۱۳۸۶|ک=تاریخ ماد|ص=۵۶۴}}</ref> بعدها و در سال ۵۸۵ پیش از میلاد هم ازدواجی سیاسی دیگری بین ایشتوویگو پسر هووخشتره و [[آرینیس|آریانیا]] دختر پادشاه لیدیه صورت گرفت.<ref>{{پک|دیاکونوف|۱۳۸۶|ک=تاریخ ماد|ص=۲۹۵}}</ref><ref>{{پک|Lendering|ک=CYAXARES|رف=Cyaxares|زبان=en}}</ref>
