حزب اتحادیه میهنی در عمل دچار شکاف درونی است. از یک طرف «هیرو ابراهیم» همسر جلال طالبانی و پسرش «بافل» قرار دارند که مخالف [[مسعود بارزانی]]، رهبر حزب دموکرات کردستان عراق، هستند و از سوی دیگر «[[کوسرت رسول]]» جانشین طالبانی قرار دارد که همچنان به بارزانی وفادار است.<ref>"ایده استقلال «بارزانی» به کما رفت/محدودیت ترکیه برای بازی در عراق". 2017. خبرگزاری مهر | اخبار ایران و جهان | Mehr News Agency. Accessed November 20 2017. [https://www.mehrnews.com/news/4130684/ایده-استقلال-بارزانی-به-کما-رفت-محدودیت-ترکیه-برای-بازی-در].</ref>
پس از عقب‌نشینی نیروهای [[پیشمرگه]] از کرکوک، مسعود بارزانی، رئیس حکومت اقلیم و رهبر حزب دموکرات کردستان عراق، انگشت اتهام را به طرف حزب اتحادیه میهنی گرفت و روز ۱۷ اکتبر ۲۰۱۷ در بیانه‌ای گفت: «آنچه در شهر کرکوک رخ داد، نتیجه تصمیمات یکجانبه اشخاصی از یک حزب سیاسی داخلی کردستان بود.»<ref>SH, K, and K SH. 2017. "استقلال کردستان: آنچه پس از [[همه‌پرسی استقلال کردستان عراق|همه‌پرسی]] گذشت". رادیو زمانه. Accessed November 20 2017. [https://www.radiozamaneh.com/368155.]</ref>
