در سال ۱۹۸۱ میلادی ژان پل دوم در میدان سن پی‌یر واتیکان دچار سوءقصد شد و به شدت مجروح شد عامل ترور [[محمدعلی آغچاآغجا]] (ملی‌گرای ترک و عضو گروه فاشیستی [[گرگ‌های خاکستری]]) نام داشت که پس از دستگیری گفته بود که ترور پاپ را [[سازمان جاسوسی شوروی]] و گروهی از دیپلمات‌های [[بلغارستان]] سازمان‌دهی کرده‌اند.<ref>[http://www.dw.de/عامل-ترور-پاپ-ژان-پل-دوم-از-خمینی-دستور-گرفته-بودم/a-16570138 عامل ترور پاپ ژان پل دوم: از خمینی دستور گرفته بودم] دویچه وله</ref>
=== عفو پاپ ===
[[پرونده:Johannes Paul II - Bill Clinton.jpg|بندانگشتی|همراه با [[رئیس‌جمهور ایالات متحده آمریکا]] [[بیل کلینتون]]]]
پاپ ضارب خود را زود بخشید. او در سال ۱۹۸۳ به زندان رفت و به مدت ۲۰ دقیقه به تنهایی با [[محمدعلی آغچاآغجا]] گفتگو کرد و اصرار ورزید که این مکالمه محرمانه باقی بماند.
پاپ بعدها گفت که آغچاآغجا آموزش دیده بوده و به تنهایی عمل نکرده‌است. اما معتقد بود که هم سوء قصد و هم زنده ماندن او به اراده خدا بوده‌است. او گلوله‌ای را که از بدنش خارج شده بوده به عبادتگاه فاطیما در پرتغال اهدا کرد زیرا معتقد بود مریم در سال ۱۹۱۷ به سه دختر در این منطقه خبر داده بود که چنین حادثه‌ای رخ می‌دهد. آغچاآغجا نیز در هنگام محاکمه خود به این پیشگویی اشاره کرد.
اصرار پاپ موجب بخشش آغچاآغجا در سال ۲۰۰۰ شد. او به ترکیه بازگردانده شد و حکم مرگش نیز به ده سال حبس تقلیل یافت.
آغچاآغجا یکبار در سال ۲۰۰۶ آزاد شد اما مجدداً به فرمان دادگاه عالی ترکیه دستگیر شد و بقیه دوران محکومیت خود را سپری کرد.<ref>{{یادکرد وب |url=http://www1.jamejamonline.ir/newstext.aspx?newsnum=100865222123 |title=نسخه آرشیو شده |accessdate=۳۰ ژوئن ۲۰۱۳ |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160812105034/http://www1.jamejamonline.ir/newstext.aspx?newsnum=100865222123 |archivedate=۱۲ اوت ۲۰۱۶ |dead-url=yes}}</ref>
