میرزا حسینعلی از مقام و ارتباطات خود در تهران نهتنها برای تبلیغ بابیت، بلکه برای محافظت از همکیشان خود نیز استفاده کرد. تلاش او برای آزادسازی [[طاهره قرةالعین|طاهره]] از زندان به زندانیشدن موقت خودش انجامید. سه سال بعد او به همراه برادرش [[میرزا یحیی (صبح ازل)|میرزا یحیی]] در [[گردهمایی بدشت]] شرکت کرد. در بدشت او نقش کماهمیتی داشت: او باغهایی اجاره نمود و به تشویق باب برای بابیها القابی را انتخاب کرد. خود او نام «بهاء» به معنی «شکوه (خداوند)» را برای خود برگزید و برادرش میرزا یحیی به «صبح ازل» ملقب گشت. در مناظرهای که بین طرفداران نگهداشتن شریعت اسلام و نسخ آن درگرفت، بهاءالله در گروه حامیان نسخ شریعت اسلام بود.<ref name="Iranica242"/> در این گردهمایی استقلال [[بابیه]] و جدائی آن از [[اسلام]] اعلام شد.<ref name=":9">{{یادکرد وب|نویسنده=M. Momen|کد زبان=en|تاریخ=2011|وبگاه=Encyclopædia Iranica|نشانی=http://www.iranicaonline.org/articles/badast-small-village-of-about-1000-inhabitants-7-km-east-of-sahrud-khorasan-site-of-a-babi-conference-in-late-rajab-ea|عنوان=BADAŠT}}</ref>
پس از آغاز درگیری بابیها با حکومت قاجار، بهاءالله و همراهانش (شامل صبح ازل) به سویاز نور شتافتندبه تا درسمت [[جنگ قلعه طبرسی|جنگ قلعهٔ طبرسی]] شرکتدر نزدیکی [[بابل (مازندران)|بابل]]، مازندران، شتافتند تا به بابیان محاصره شده در آنجا کمک کنند. اما در راه دستگیر و در آمل زندانی شدند.<ref سهسالname="Iranica242" بعد/> [دورانبهاءالله ظاهراً قصد داشت که از جایگاه اجتماعی خانواده خود برای مذاکره پایان درگیری در [[شورشجنگ بابی|شورشهایقلعه بابیطبرسی]] استفاده کند.<ref name=":82428">{{یادکرد کتاب|نشانی=http://cup.columbia.edu/book/modernity-and-the-millennium/9780231110815|عنوان=Modernity and the Millennium: The Genesis of the Baha'i Faith in the Nineteenth Century|نام خانوادگی=Cole|نام=Juan|تاریخ=1998|ناشر=Columbia University Press|سال=|شابک=9780231110815|مکان=New York City; New York|صفحات=27|زبان=En}}</ref> در این زمان [[محمدشاه|محمد شاه]] حکم قتل بهاءالله را صادر نمود ولی مرگ ناگهانی وی در چهارم دسامبر سال ۱۸۴۸ حکم را بیاثر کرد.<ref name=":82428" /> سهسال بعد برای بابیها بسیار سخت گذشت. بسیاری از بابیها در مازندران،[[استان مازندران|مازندران]]، [[شورش بابیهای نیریز|نیریز]]، و [[شورش بابیان زنجان|زنجان]] توسط نیروهای حکومت محاصره شده و قتلعام شدند. حکومت سید علیمحمد باب را نیز پس از آنکه خود را «[[مظهر ظهور|مظهر الهی]]» نامید و «[[کتاب بیان]]» را در بنیانگزاری دینی جدید نوشت اعدام کرد.<ref name="Iranica242"/> باب در زندان با بهاءالله و صبحازل در تماس بود، که پس از کشتهشدن بسیاری از پیروان برجستهٔ باب بهعنوان محتملترین رهبران بابی مطرح شدهبودند.<ref name="Iranica242" /> بهاءالله در این زمان ۳۳ ساله و شخصیتی برجسته و شناختهشده بود و انتظار میرفت که رهبر بابیان شود. اما به صورتی عجیب، بهنظر میرسد که باب صبح ازل، برادر کوچکتر و ناتنی بهاءالله، را که در آن زمان ۱۹ساله بود برای رهبری، حداقل اسماً، انتخاب کردهاست.<ref name="Iranica242" /> بهاءالله در [[کتاب ایقان]] جانشینشدن برادرش را قبول دارد.<ref name="Islamica"/> اما صبحازل جوان مشروعیت و مرجعیت وسیعی نداشت و جامعهٔ بابی دچار تشتت گشته و در گوشهکنار افراد متعددی ادعای مقامی الهی کردند. باب تأکید کردهبود که چهرهٔ آخرالزمانی دیگری به نام «[[من یظهرهالله]]» ظهور خواهد کرد. در این زمان بابیان دلسرد به دنبال رهبری جایگزین باب میگشتند. صبح ازل در ابتدا رقیبان را تحمل میکرد و خود را در سرسلسلهٔ ظهورات میدانست، گرچه بعدها رقیبان را دیگر تحمل نکرد. اما بهاءالله از ابتدا ظهورات بابی دیگر را کماهمیت جلوهداده و بر جایگاه بلند خود تأکید میکرد.<ref name="Iranica242"/>
=== ترور ناصرالدینشاه توسط بابیها و زندانیشدن ===