ممکن است که آب باران نیز در سامانه فاضلاب وارد شود. چنین سامانه‌ای را سامانه تصفیه مختلط می‌نامند. این طراحی در آغاز ساخت سامانه‌های فاضلاب متداول بود.<ref name="Metcalf & Eddy">{{Cite book|author = Metcalf & Eddy, Inc.|title = Wastewater Engineering|year = 1972|publisher = McGraw-Hill Book Company|location = New York|isbn = 0-07-041675-3}}</ref> سامانهٔ مختلط نیاز به تأسیسات بزرگتر و هزینهٔ بیشتر دارد. افزایش ناگهانی جریان ناشی از بارندگی ممکن است باعث پر شدن و سرریز کردن شود. در جوامع [[شهرنشینی|شهری]] از میانهٔ سدهٔ بیستم میلادی، سامانه‌های جداگانه برای آب باران و فاضلاب ساخته می‌شود؛ زیرا بارندگی جریان‌های با دبی مختلف ایجاد می‌کند که کارایی تصفیه‌خانهٔ فاضلاب را کاهش می‌دهد.<ref name="Burrian">Burrian, Steven J. , et al. (1999).[http://nepis.epa.gov/Exe/ZyPURL.cgi?Dockey=2000E6J7.txt "]</ref>
