آخوندی در تاریخ ۲۸ مهرماه ۱۳۹۷ با انتشار نامه استعفای قبلی خود بهطور رسمی از وزارت راه و شهرسازی استعفا داد و رئیسجمهور نیز پذیرفت.<ref>[https://www.eghtesadnews.com/بخش-فید-اقتصادی-71/245858-عباس-آخوندی-وزیر-راه-استعفا-داد-نامه-استعفا عباس آخوندی، وزیر راه استعفا داد + نامه استعفا]</ref>
=== اتهامات وارد شدهمحکومیت ===
در ۱۲ آبان ۱۳۹۹ حجتالاسلامکمیسیون حسناصل شجاعی۹۰ مجلس پس از شکایتی که از عباس آخوندی در گفتوگوخصوص باضعف تسنیمعملکرد اعلاموی کردخصوصاً کمیسیونحوزه اصلمسکن ۹۰شد، مجلستحقیقات ورودخود بهرا بررسیآغاز شکایتو اقبالبا شاکریجدیت نمایندهبه تهراناین ازموضوع عباسورود آخوندیکردهاست. چند موضوع در حوزهاین مسکنشکایت اشاره شده استکه وحوزه تحقیقاتمسکن خودیکی رااز آغازموارد کردهاستمطرح شدهاست. [https://www.alef.ir/news/3990812059.html] در سوم آذر ۱۳۹۸ رسانهها از بازداشت محمدمهدی آخوندی فرزند عباس آخوندی وزیر سابق مسکن و شهرسازی خبر دادند که پس از مدتی آزاد شد. [https://donya-e-eqtesad.com/بخش-خبر-64/3603345-آخرین-وضعیت-پرونده-پسر-آخوندی]