وی در دوران انقلاب ۱۳۵۷ ایران از فعالین خیابانی بود که بعدها با تشکیل [[سپاه پاسداران]] به آن گروه پیوست. او در گشت های محله محور و امر به معروف وقتی دختر بد حجاب می گرفت پونز را به پیشانی وی فرو می کرد و به این دلیل است که لقبش شده اکبر پونز اکبر گنجی از مخالفین ادامه جنگ بعد از فتح خرمشهر بود.<ref name="news.gooya.com">[http://news.gooya.com/politics/pdf/AG09202013.pdf جنگ ایران و عراق: ابزار قدرت و ثروت، اکبر گنجی]، گویا نیوز</ref> وی در سال ۱۳۶۲ در یک سخنرانی علنی در پادگان ولی عصر و در حضور [[محسن رضایی]]، فرمانده وقت سپاه، به سیاست ادامه جنگ اعتراض کرد و آن را بی‌فایده دانست. وی در همان سخنرانی که باعث بحرانی در سپاه شد، فرماندهی سپاه، از جمله [[محسن رضایی]]، [[محسن رفیقدوست|محسن رفیقدوست]]، [[محمدباقر ذوالقدر]] و زیبایی‌نژاد را متهم کرد که سپاه را آلت دست [[سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی]] کرده‌اند و با نیروی نظامی سپاه کار سیاسی می‌کنند و خواستار برکناری فرماندهی سپاه شد.<ref name="news.gooya.com"/> این سخنرانی که با استقبال نیروهای لشکر محمدرسول‌الله سپاه و تنش میان آنان با فرماندهی سپاه شده بود، واکنش شدیدی در سپاه در حال جنگ ایجاد کرد.<ref name="news.gooya.com"/> دادستانی سپاه این برخورد را تمرد در شرایط جنگی دانست و برای گنجی خواستار اشد مجازات یعنی حکم اعدام شد. اما با وساطت [[آیت‌الله منتظری|منتظری]] و [[یوسف صانعی]] این موضوع منتفی شد.<ref name="news.gooya.com"/> وی در سال ۱۳۶۳ از سپاه استعفا داد و از آنجا بیرون آمد. او بعد از کنار رفتن از سپاه چند سالی رابط فرهنگی سفارت ایران در ترکیه بود و همچنین او با اعضای نهاد اطلاعات نخست‌وزیری مانند [[سعید حجاریان]] که از بنیان‌گذاران اصلی [[وزارت اطلاعات]] بودند ارتباط داشت که گاهی باعث شده بعضی وی را از اعضای [[وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی]] بدانند.{{مدرک|چه کسانی؟}} خود او هرگونه حضور و ارتباط با وزارت اطلاعات را تکذیب می‌کند. با پایان جنگ و پس از ورود به دانشگاه، از اوایل دههٔ هفتاد گنجی به حلقهٔ [[مجله کیان|کیان]] پیوست. حلقه‌ای که پس از جدا شدن خاتمی و [[ماشاالله شمس‌الواعظین|شمس الواعظین]] و اعضای چپ مذهبی گرداننده روزنامه کیهان از آن نهاد به نشریه کیان روی آوردند و [[عبدالکریم سروش]]، روشنفکر دینی مشهور ایرانی که در آن زمان از استادان این جریان و همچنین یکی از مؤثرترین اعضای نهاد انقلاب فرهنگی که هنوز با نام شورای عالی انقلاب فرهنگی وجود دارد بود آنان را به لحاظ فکری تغذیه می‌کرد.
