همان‌طور که گفته شد، علی بن عیسی که با بی‌عدالتی و تعارض به حقوق مردم خراسان آن‌ها را به ستوه آورده بود و اهالی این سرزمین به یاری [[رافع بن لیث]] دست به شورش زدند. هارون برای آرام کردن اوضاع از [[هرثمه بن اعین]] یاری خواست و او نیز علی را دستگیر کرد، از سوی دیگر [[رافع بن لیث|رافع]] در سمرقند بود و هارون برای روشن کردن تکلیف او با همراهی مأمون، پسرش به سوی [[خراسان]] شتافت. در [[طوس]] بود که به شدت بیمار و ناتوان گشت یا احتمال داده می‌شود که از پیش بیماری داشت و در راه بر شدتش افزوده شد و [[مأمون]] را به تنهایی برای رسیدگی امور روانه مرو کرد و هارون در آخرین ساعات زندگی، برادر رافع را به قصاب سپرد و به دو نیم کرد و چند ساعت پس از این اتفاق در [[جمادی الآخر]] سال ۱۹۳ ق در حالی که ۴۵ سال داشت و موهای معجدشمجعدش تازه به سفید شدن گراییده بود، درگذشت.<ref>{{پک|فیاض|۱۳۹۷|ک=تاریخ اسلام|ص=۱۸۹}}</ref>
