بانک داده پروتئین: تفاوت میان نسخه‌ها

در زیست شناسی، '''بانک داده پروتئین''' {{انگلیسی|Protein Data Bank}} (به اختصار PDB) منبعی برای ساختارهای [[پروتئین|پروتئینی]]<nowiki/>آزمایشگاهی و [[اسید نوکلئیک|اسیدهای نوکلئیک]] است. هدف اکثر بانک‌های داده ساختار پروتئین عبارت است از؛ دسترسی جامعه زیست‌شناسان به داده های آزمایشی، به منظور ساماندهی و تفسیر ساختار پروتئین‌ها. داده های موجود در پایگاه داده‌های ساختار پروتئین اغلب شامل مختصات سه بعدی و همچنین اطلاعات آزمایشگاهی از قبیل ابعاد سلول و زوایای ساختارهای تعیین شده توسط [[بلورنگاری پرتو-ایکس]] یا [[ان‌ام‌آر پروتئین|بیناب‌نمایی ان‌ام‌آر]] می باشد. مدیریت این بانک داده با سازمانی به نام [[بانک داده جهانی پروتئین]] (wwPDB) است. اما در ادامه لیستی از سایر بانک‌های داده موجود آورده شده است.

 

 

== اهمیت و کاربرد ==

 

مذاکرات مربوط به بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی نشان داد که چگونه در دسترس بودن ده‌ها هزار سازه، روش‌های کاملاً جدیدی برای پیشبرد علم را امکان پذیر کرده است. به عنوان مثال، '''جانت تورنتون''' از رویکردهای بیوانفورماتیک برای درک خانواده ها و عملکرد آنزیم‌ها استفاده می کند. وی در ارائه خود بر اهمیت یک‌پارچه سازی داده‌های ساختاری با داده‌های منابع دیگر تأکید کرد. '''آندره سالی''' یک رویکرد یکپارچه برای تعیین ساختارها را توصیف می‌کند. او با استفاده از داده‌هایی با محتوای اطلاعاتی نسبتاً محدود، نشان داد که چگونه می‌توان به یک مدل بسیار قابل قبول برای یک مجتمع منافذ هسته ای ('''nuclear pore complex''') رسید. '''دیوید بیکر''' توضیح داد که چگونه از روش‌های آزمایش و مدل‌سازی برای طراحی و پیش بینی ساختارها استفاده می کند. '''دیوید سیرلز''' که بخاطر کارهای خود در توصیف DNA به عنوان یک زبان مشهور است، اکنون از ساختار پروتئین برای ایجاد یک دستور زبان جدید استفاده می کند.<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=Helen M.Berman|کد زبان=|تاریخ=|وبگاه=|نشانی=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212612000184|عنوان=The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the Past to Prepare for the Future}}</ref>