رهبری فر در سال 1372۱۳۷۲ به [[باشگاه فوتبال پرسپولیس تهران|پرسپولیس]] پیوست و 9۹ فصل برای این تیم بازی کرد. در آغاز [[لیگ برتر فوتبال ایران ۸۳–۱۳۸۲|لیگ برتر ۸۳–۱۳۸۲]]، [[اکبر غمخوار]] ریاست باشگاه را بعهده گرفت و به اصلاحات جدیدی پرداخت؛ در این اصلاحات، بازیکنانی مانند رهبری فر که روابط گرمی با [[علی پروین]] داشتند، کنار گذاشته شدند. به همین دلیل رهبری فر پرسپولیس را ترک کرد و به [[باشگاه فوتبال پاس تهران|پاس تهران]] پیوست. تنها گلی که او که برای [[باشگاه فوتبال پاس تهران|پاس تهران]] به ثمر رساند، مقابل [[باشگاه فوتبال پرسپولیس تهران|پرسپولیس]] و از روی نقطهٔ پنالتی بود.بهروز رهبری فر به همراه [[سهراب بختیاریزاده|سهراب بختیاری زاده]] جزو اولین مدافعان سیستم دفاع چهار نفری و خطی در تیم ملی فوتبال ایران بودند که نمایش قابل قبولی در مسابقات قهرمانی غرب آسیا داشتند.