اداره این بنیاد به عهده هیئت امنا آن است که از میان اعضای آن، یک تن توسط رئیس جمهور به عنوان ریاست بنیاد به مدت چهار سال انتخاب میگردد.
در حال حاضر، ریاست این بنیاد به عهده دکتر [[حسن حبیبی]] است.
در حال حاضر، ریاست این بنیاد به عهده دکتر [[حسن حبیبی]] است. در مقايسه با ساير موسسات و مراكز ايران شناسي داخل و خارج از كشور، بنياد ايرانشناسي تهران، از نظر پژوهشي و عملكردي بسيار ضعيف به شمار مي رود. نقطه مزيت اين بنياد، دولتي بودن آن و بهره مندي از ساختمان مجلل و وسيع است، با اين حال، توان رقابت پژوهشي در حوزه ايران شناسي را با ساير مراكز مشابه كه در كشورهاي مختلف ايجاد شده است ندارد؛ با توجه به اينكه قرار بود، مطابق نظر رياست فعلي بنياد، توليدات علمي اين مركز، از جمله منابع دست اول و اصلي و اساسي براي پژوهش در زمينه ايران شناسي باشد، اما به نظر مي رسد با وجود گذشت تقريبا 15 سال از تاسيس آن و صرف هزينه هاي فراوان، قطب ايران شناسي كشور كماكان در اختيار مراكزي همچون كتابخانه ملي ايران، بنياد دائره المعارف بزرگ اسلامي و كتابخانه مجلس باشد.