دانشکده های دانشگاه خواجه نصیرالدین طوسی در سطح شهر تهران پراکنده اند، و این مشکلات زیادی را برای دانشجویان دانشگاه ایجاد می کند و هزینه بالایی را برای دانشگاه دارد. ومتاسفانه یکی از نکات منفی دانشگاه همین پراکندگی دانشگاه های آن در سطح شهر تهران می باشد.
به گفته دکتر قاسمی ریاست وقت دانشگاه، تجمیع دانشگاه امری ۲۰ ساله است. وی همچنین ۵ مکان پیشنهادی جهت تجمیع دانشگاه را اعلام کرد: منطقه۲۲(غرب تهران مابین تهران و کرج)، شهرک امید( حوالی میدان امید، از زمینهای وزارت دفاع)، کوی فراز( شمال تهران بین درکه و سعادت آباد)، دانشکده هوافضا و دانشگاه آب و برق شهید عباسپور(خاک سفید).
