نهایتاسرانجام در نیمه شب یک شنبه 16 مهر نیروهای اطلاعاتی و تیم کماندو های [[نیروهای ویژه]] به خانه آیت الله بروجردی حمله ای چند جانبه را آغاز کردند و تعداد زیادی از مردم و محافظان خانه آیت الله بروجردی را به همراه خود وی دستگیر و به مکان نامعلومی منتقل کردند. بر پایه گزارشات خبرنگاران مستقل در تهران ماشین های آتش نشانی تا ساعت هفت صبح مشغول شستن خون های ریخته شده در خیابانها بودند. [http://www.rferl.org/listen/ondemand/bd/getasx.aspx?url=mms%3a%2f%2frealaudio.rferl.org%2fwma%2fch21%2f2006%2f10%2f08%2f20061008-153000-FRD-program.wma&starttime=09:45&duration=395]
