خوانساری (همانجا)، او را سرسلسلة علمی خاندانش میداند.<ref name="lib.eshia"/>
== فرزندان ==
فرزند ارشد او میرزا داوود، داماد پسر [[سید بحرالعلوم]] و سه فرزند دیگرش میرزاضیاءالدین و میرزاعسکری و میرزا محمدمهدی از افاضل عصر خود بودهاند (آقابزرگ طهرانی، ۱۴۰۴، ج ۱، قسم ۳، ص ۱۲۷۱، ج ۲، قسم ۲، ص ۶۷۳ـ۶۷۴). بروجردی همچنین با دختر استادش محقق [[میرزای قمی]] ازدواج کرده (خوانساری، همانجا؛
آقابزرگ طهرانی، ۱۴۰۴، ج ۲، قسم ۱، ص ۱۲۸؛
تنکابنی، ص ۱۸۲) و از او سه فرزند به نامهای جمال الدین محمد، فخرالدین محمد و نورالدین محمد داشته و در اجازهای که برای آنان نوشته، به اجتهادشان تصریح کردهاست (اعتمادالسلطنه، ۱۳۶۳ ش، ص ۱۹۰؛
آقابزرگ طهرانی، ۱۴۰۳، ج ۱، ص ۱۴۶). آقاجمال الدین، در فقه و حدیث و تفسیر توانا بود و بیانی رسا داشت. چند سال در مشهد زیست، سپس در تهران سکنا گزید و در ۱۳۰۲ درگذشت. فرزند او، میرزا علی اکبر بروجردی * نیز عالم بود و جانشین پدر شد. آقا فخرالدین در بروجرد ماند و گذشته از مقامات دینی، به شعر و عرفان گرایش داشت. آقا نورالدین از شاگردان [[شیخ انصاری]] بود و در دوران تحصیل درگذشت. شیخ علی بروجردی یکی از نوادگان حجة الاسلام در سامرا از شاگردان [[میرزای شیرازی]] بود و بعد از کسب مراتب علمی به بروجرد بازگشت (آقابزرگ طهرانی، ۱۴۰۴، ج ۱، قسم ۴، ص ۱۲۹۶). برادر حجة الاسلام به نام مولی علی بروجردی و فرزند او، شریف، نیز اهل فضل بودند. آقابزرگ طهرانی (همان، ج ۱، قسم ۱، ص ۲۱۵) مولی علی را داماد محقق (میرزای) قمی میداند؛
ولی گویا مولی علی بروجردی که داماد محقق قمی بود، غیر از برادر حجة الاسلام است ؛
و منابعی که شرح حال مولی علی مجتهد بروجردی، داماد محقق قمی، را آوردهاند او را برادر حجة الاسلام ندانستهاند و به نظر میرسد که تشابه اسم، عامل اشتباه طهرانی شده باشد.<ref name="lib.eshia"/>