به دنبال انتشار ترجمه فارسی کتاب، [[اکبر گنجی]] مقالاتی منتشر نمود که در آنها با استناد به کتاب مکتب در فرایند تکامل، مدعی شد بسیاری از اعتقادات فعلی شیعه از جمله اعتقاد به امام دوازدهم، عید غدیر، زیارت عاشورا و ولایت فقیه برساخته شیعیان و نه حقایق ازلی هستند.<ref>[http://mag.gooya.com/politics/archives/2008/08/075748.php gooya news:: politics: برساخته‌های تاریخی، قرآن محمدی (۲)، اکبر گنجی، رادیو زمانه<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>
در سال ۸۷، [[اکبر گنجی]] در سری مقالاتی به نام «برساخته‌های تاریخی، قرآن محمدی» با استناد به این کتاب می‌نویسد:
{{نقل قول|
اگر به تاریخ تشیع نگاه شود، فرایند برساختن این هویت به روشنی برملا خواهد شد. شیعیان رفته رفته امامان خود را بالا و بالا بردند و به عرش رساندند، آنها را معصوم و خود را غالی کردند. محقق برجسته، حسین مدرسی طباطبایی، در کتاب مکتب در فرایند تکامل، فرایند برساخته شدن تشیع را تبیین می‌کند. به عنوان مثال، وی با مستندات تاریخی نشان می‌دهد که چگونه گروه کوچکی از یاران امام یازدهم، امام دوازدهم را برساختند[۵]. از آن به بعد هم شیعیان چیزهای بسیاری برساختند و بر تشیع افزودند و آن را فربه و فربه تر کردند. عید غدیر خم از قرن چهارم هجری، زمان عزالدوله دیلمی، به عنوان عید برساخته شد. ۱۳ رجب را ناصرالدین شاه قاجار به عنوان جشن و تعطیلی به تشیع اضافه کرد. زیارت عاشورا برساخته‌ای تاریخی و فاقد سند است[۶]. ولایت فقیه، و ولایت مطلقهٔ فقیه، را در دوران قاجار برساختند و به تشیع افزودند. مطابق برساخته گرایی، تمام آئین‌ها برساخته‌های تاریخی اند، نه حقایق ازلی و ابدی...<ref>[http://mag.gooya.com/politics/archives/2008/08/075748.php gooya news:: politics: برساخته‌های تاریخی، قرآن محمدی (۲)، اکبر گنجی، رادیو زمانه<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>}}
گنجی در ادامه افزود که مطالب مورد ادعای وی اقتضائات تاریخی کتاب مدرسی هستند که ممکن است مطابق با اعتقادات نویسنده کتاب مکتب در فرایند تکامل نیز نباشند.<ref>[http://zamaaneh.com/idea/2008/11/post_427.html اندیشه زمانه: موعودگرایی ادیان و مهدی موعود شیعیان]</ref>
گنجی مدت کوتاهی بعد در مقاله دیگری، این سخنانش را ارجاع به مقتضیات درون کتاب مینامد، نه باورهای شخصی مدرسی طباطبائی:
{{نقل قول|
بررسی تاریخی مسالهٔ موعودگرایی در تشیع می‌تواند چگونگی برساخته شدن امام زمان را روشن سازد. کتاب محققانهٔ اندیشمند و اسلام‌شناس بزرگ، جناب آقای مدرسی طباطبایی از این جهت بسیار مهم است... [مقاله] «قرآن محمدی» هیچ سخنی درخصوص باورهای جناب مدرسی طباطبایی بیان نمی‌کرد. بحث «قرآن محمدی» ناظر به مقتضیات "درون متنی" کتاب مکتب در فرایند تکامل بود.<ref>[http://zamaaneh.com/idea/2008/11/post_427.html اندیشه زمانه: موعودگرایی ادیان و مهدی موعود شیعیان]</ref>}}
[[سید حسین مدرسی طباطبایی]] نیز در پاسخی به گنجی برداشت وی از کتاب را نادرست دانسته و از کسانی که پیام کتاب را در مسأله مهدی<ref group="پانویس">مهدی چهل تنی به چند نکته در کتاب که که به گفته او گواهی بر اعتقادات مدرسی هستند [http://toraath.com/index.php?name=Sections&req=viewarticle&artid=158 اشاره می‌کند]:
