فارسی: فرآیند زیست‌شناسی دستگاه‌ها از ابزارهای HT تا روشن شدن شبکه بیولوژیکی شروع می‌شود. نتایج ابزارهای کشف HT جمع‌آوری شده و اعتبارسنجی می‌شود. داده‌ها سپس در معرض آنالیز محاسباتی قرار می‌گیرند؛ ابتدا پیش پردازش شده و به کمک الگوریتم‌های مختلف، طبقه‌بندی می‌شوند. این الگوریتم‌ها شامل الگوریتم‌های آماری و اکتشافی تحت نظارت، نیمه نظارتی و بدون نظارت هستند. الگوریتم‌های مبتنی بر دانش و نظارتی یا نیمه نظارتی دارای اطلاعاتی هستند که از داده‌های عمومی گرفته شده‌است و شامل هستی‌شناسی، پیام‌رسانی و شبکه‌های تعاملی هستند. اطلاعات این پایگاه داده‌ها که از طریق ابزار و نرم‌افزار مناسب داده کاوی بدست آمده‌اند، به الگوریتم‌ها داده می‌شوند. این الگوریتم‌ها، داده‌ها را با دقت تخمین زده شده‌ای، طبقه‌بندی می‌کنند. سپس به ابزارهای تجزیه و تحلیل شبکه، مدل‌سازی، شبیه‌سازی داده می‌شوند. این ابزارها همچنین از پایگاه داده‌های عمومی که از تکنیک‌های داده کاوی و همچنین از الگوریتم‌های ذکر شده قبلی استفاده می‌کنند، داده می‌گیرند. خروجی این ابزارها مدلی است که روی آن آنالیز محاسباتی، مدل‌سازی درون رایانه ای و شبیه‌سازی برای اصلاح و بررسی فرضیه‌ها صورت می‌گیرد. این شبیه‌سازی‌ها و مدل‌ها، شبکه پیشنهادی را اصلاح کرده و آزمایش‌های متناسبی در یک مدل حیوان یا سلولهای انسانی طراحی می‌کند. آزمایش‌های in vivo و in vitro برای ارزیابی فرضیه‌ها و پیش‌بینی‌های شبکه مدل شده انجام شده و امکان اصلاح شبکه را نیز فراهم می‌کند. پس از جمع‌آوری شواهد کافی از آزمایش‌ها و تست فرضیه‌ها، نسخه‌ای نهایی از سیستم ارائه می‌شود که می‌تواند یک بیماری را شرح دهد. این نسخه امکان ایجاد نشانگرهای زیستی و کشف درمان‌های جدید را فراهم کرده، درکی از فیزیولوژی طبیعی ارائه داده و می‌تواند در به روز رسانی پایگاه داده‌های آنلاین کمک کند.