پی‌دی‌بی‌سام

پی‌دی‌بی‌سام (انگلیسی: PDBsum‎) یک پایگاه داده‌است که نگاهی اجمالی به محتویات و ساختار درشت‌مولکول‌هایی است که در بانک داده پروتئین نگهداری می‌شود.[۱][۲][۳][۴] نسخهٔ اصلی این پایگاه داده حوالی سال ۱۹۹۵ میلادی، توسط رومن لاسکوفسکی و همکاران در کالج دانشگاهی لندن ایجاد شد.[۵]

پی‌دی‌بی‌سام
Pdbsum logo.gif
محتوا
توضیحمروری اجمالی بر ساختارهایی که در بانک دادهٔ پروتئین نگهداری می‌شود.
گونه‌های داده‌های
گرفته‌شده
ساختارهای پروتئینی
ارگانیسم‌هاتمامی جانداران
تماس
مرکز پژوهشمؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا (EBI)
پدیدآورانرومن لاسکوفسکی و همکاران (۱۹۹۷)
استناد ابتداییPubMed
دسترسی
وب‌گاهwww.ebi.ac.uk/pdbsum/
گوناگون
نهادهای قابل بوکمارکبله

هر ساختار پروتئینی در این پایگاه داده، دارای یک تصویر (از جلو، از بالا و از پائین)، محتوای مولکولی ترکیب شیمیایی، طرح‌واره‌ای از واکنش آنزیمی احتمالی، تکالیف عملکردی هستی‌شناسی ژن، توصیف دقیق توالی یک دالتونی دومین توسط پی‌فم و اینترپرو، شرحی از مولکول‌های اتصالی، تصاویری از واکنش میان پروتئین و ساختارهای ثانویه، نمودار شماتیک از تعامل پروتئین-پروتئین، تحلیل شکاف‌های درون ساختمان پروتئین و پیوندهای اینترنتی به پایگاه‌های داده‌های دیگر است.[۶]

در این پایگاه داده، از نرم‌افزارهای گرافیک مولکولی راس‌مول و جی‌مول جهت نمایش سه‌بعدی مولکول‌ها و تعامل شیمیایی میان آنها استفاده شده‌است.[۵]

از زمان انتشار پروژه ۱۰۰۰ ژنوم در اکتبر ۲۰۱۲ میلادی، تمامی گونه‌های مختلف اسید آمینه شناخته‌شده توسط این پروژه، به دقت به توالی پروتئین مربوط به خود در بانک داده پروتئین ارتباط داده شده‌است. این گونه‌ها در پی‌دی‌بی‌سام نشان داده شده و با شناسهٔ مرتبط به خود در یونی‌پروت ارجاع داده شده‌است.[۶] پی‌دی‌بی‌سام حاوی ساختارهایی است که ممکن است در داروپردازی به‌کار آیند. یکی از شاخه‌های این پایگاه داده به نام «دراگ‌پورت» (DrugPort) بر روی این مدل‌ها تمرکز دارد و با دراگ‌بنک هم مرتبط است.[۶][۷]

جستارهای وابستهویرایش

منابعویرایش

  1. Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Dec 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends in Biochemical Sciences. 22 (12): 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.
  2. Laskowski RA (Jan 2001). "PDBsum: summaries and analyses of PDB structures". Nucleic Acids Research. 29 (1): 221–2. doi:10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097.
  3. Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (Jan 2005). "PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D266–8. doi:10.1093/nar/gki001. PMC 539955. PMID 15608193.
  4. Laskowski RA (Jan 2009). "PDBsum new things". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D355–9. doi:10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896.
  5. ۵٫۰ ۵٫۱ "PDBsum documentation: About PDBsum". European Molecular Biology Laboratory – The European Bioinformatics Institute. Retrieved 9 September 2014.
  6. ۶٫۰ ۶٫۱ ۶٫۲ de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (Jan 2014). "PDBsum additions". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D292–6. doi:10.1093/nar/gkt940. PMC 3965036. PMID 24153109.
  7. Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035–41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.