دی‌ان‌ای پلیمراز
دی‌اِن‌اِی پلیمرازها (به انگلیسی: DNA Polymerase) یا دنا بسپاراز ، مولکول‌های دی‌ان‌ای را از زیرواحدهای دئوکسی ریبونوکلئوتید (dNTP)، سنتز می‌کنند. دی‌اِن‌اِی پلیمرازها بیشتر به خاطر نقشی که در همانندسازی دارند شناخته می‌شوند. به‌طور کلی دو نوع دی‌اِن‌اِی پلیمراز وجود دارد؛ دی‌اِن‌اِی پلیمرازهای وابسته به الگو و دی‌اِن‌اِی پلیمرازهای غیر وابسته به الگو.
| DNA-directed DNA polymerase | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 3D structure of the DNA-binding helix-turn-helix motifs in human DNA polymerase beta (based on PDB file 7ICG) | |||||||||
| شناساگرها | |||||||||
| شمارهٔ ای‌سی | ۲٫۷٫۷٫۷ | ||||||||
| شمارهٔ سی‌ای‌اس | ۹۰۱۲-۹۰-۲ | ||||||||
| پایگاه‌های داده | |||||||||
| اینتنز | نمایش اینتنز | ||||||||
| برندا | مدخل برندا | ||||||||
| اکسپسی | نمایش NiceZyme | ||||||||
| کی‌ای‌جی‌جی | مدخل کی‌ای‌جی‌جی | ||||||||
| متاسایک | گذرگاه سوخت‌وساز | ||||||||
| پریام | نمایه | ||||||||
| ساختارهای پی‌دی‌بی | RCSB PDB PDBe پی‌دی‌بی‌سام | ||||||||
| هستی‌شناسی ژن | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
دستهٔ اول، رشتهٔ جدید دی‌ان‌ای را از روی یک رشتهٔ الگو (دی‌ان‌ای یا آران‌ای) سنتز می‌کنند و دستهٔ دوم برای سنتز رشتهٔ جدید، نیازی به الگو ندارند. آنزیم رونوشت‌بردار معکوس از دی‌ان‌ای پلیمرازهای وابسته به الگو است و دی‌ان‌ای را از روی آران‌ای الگو سنتز می‌کند.
دی‌اِن‌اِی پلیمراز بر روی دی‌ان‌ای حرکت می‌کند و با استفاده از نوکلئوتیدهای آزاد که در سیتوپلاسم وجود دارند هر نوکلئوتید را در مقابل نوکلئوتید مکمل خود قرار می‌دهد.
آنزیم دی‌اِن‌اِی پلیمراز توانایی دیگری نیز دارد و آن ویرایش است: در صورتی که نوکلئوتید اشتباهی به دی‌ان‌ای‌های دختر اضافه‌شود، یعنی مکمل نباشد، این آنزیم بازمی‌گردد و نوکلئوتید غلط را جدا و آن را با نوکلئوتید صحیح تعویض می‌کند.
دی‌اِن‌اِی پلیمراز در سال ۱۹۹۵ کشف شده‌است. این کشف مهم به فهم عمیق‌تری از فرایند همانندسازی، اصلاح خطا و رونوشت کرده‌است. این کشف همچنین به علم مدرن از طریق ممکن‌سازی استفاده از آن در فرایند واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) کمک کرده‌است. اولین دی‌اِن‌اِی پلیمراز کشف شده، دی‌اِن‌اِی پلیمراز اشریشیا کُلای بوده‌است. این کشف توسط آرتور کورنبرگ و بقیهٔ اعضای تیمش اتفاق افتاد.[۱]
نقش دی‌اِن‌اِی پلیمراز در فرایند همانندسازی ویرایش
در فرایند همانندسازی دی‌ان‌ای دو آنزیم دی‌اِن‌اِی پلیمراز همزمان درگیر فعالیت هستند. یکی از آن‌ها درگیر عمل فرایندسازی در رشتهٔ پیشرو و دیگری در رشتهٔ پسرو است. پس از فرایند همانندسازی دو مولکول دی‌اِن‌اِی تولید می‌شود. در هر یک یکی از رشته‌ها از دی‌اِن‌اِی قبلی باقی مانده‌است تا اطلاعات به نسل بعد منتقل شوند و رشتهٔ دیگر توسط دی‌اِن‌اِی پلیمراز همانندسازی شده‌است. به این فرایند همانندسازی نیمه‌حفاظتی گفته می‌شود. دو ساختار گیرهٔ لغزنده (Sliding clamp) و بارکنندهٔ گیرهٔ لغزنده عملکرد دی‌اِن‌اِی پلیمراز را هدایت می‌کنند. دو گیرهٔ لغزنده رشته‌های دی‌اِن‌اِی را دربرمی‌گیرند و به کمک پروتئین‌هایی به نام Clamp loader complex محل مناسبی برای وصل شدن دی‌اِن‌اِی پلیمرازها ایجاد می‌کنند. دو رشتهٔ رو به روی هم در مارپیچ دی‌اِن‌اِی، جهت‌گیری‌های برعکس دارند. این جهت‌گیری با جهت‌گیری فسفات تعیین می‌شود. یکی از سر ۳' به ۵' و رشتهٔ دیگر از ۵' به ۳' است. دی‌اِن‌اِی پلیمراز فرایند ساخت دی‌اِن‌اِی را تنها می‌تواند از سر ۵' به ۳' انجام دهد. از آن‌جا که جهت‌گیری‌های رشته‌های رو به روی هم برعکس هستند، رشته‌ای که از سر ۳' به ۵' می‌تواند بدون وقفه همانندسازی شود و رشتهٔ پیشرو نام دارد. فرایند همانندسازی در رشتهٔ دیگر به صورت قطعات اکازاکی صورت می‌گیرد. در این رشته بارکنندهٔ گیرهٔ لغزنده باید گیره را به صورت مداوم جدا و به محل جدید متصل کند.[۲]
سرعت همانندسازی اولین بار در اشریشیا کُلای اندازه‌گیری شد. این سرعت در دمای ۳۷ درجه برابر با ۷۴۹ نوکلئوتید در هر ثانیه است.[۳]
نقش دی‌اِن‌اِی پلیمراز در فرایند اصلاح خطا ویرایش
در حین فرایند همانندسازی بعضی از نوکلئوتیدها ممکن است اشتباه جایگیری کنند. دی‌اِن‌اِی پلیمراز با فعالیت‌های اگزونوکلئاز (برون نوکلئاز) خطاها را از سر ۳' به ۵' اصلاح می‌کند.[۲] در فرایند همانندسازی خطا هر ۱۰^۴ یا ۱۰^۵ تا رخ می‌دهد. با فرایندهای اصلاح خطای انجام شده توسط دی‌ان‌ای پلیمراز، این میزان خطا به ۱۰^۸ تا ۱۰^۹ کاهش پیدا می‌کند.[۴]
بررسی انواع دی‌ان‌ای پلیمراز در یوکاریوت‌ها ویرایش
در یوکاریوت‌ها پنج نوع مختلف از دی‌ان‌ای پلیمرازها کشف شده‌اند: دی‌ان‌ای پلیمرازهای آلفا، بتا، دتا، اپسیلون و زتا. بین این پنج نوع، دی‌ان‌ای پلیمراز نوع آلفا در فرایند همانندسازی نقش دارد اما در فرایند بازبینی و اصلاح خطا نقشی ندارد. در اصلاح خطا با فرایند شکافت بخش آسیب‌دیدهٔ دی‌ان‌ای و انجام دوبارهٔ همانندسازی برای آن بخش، دی‌ان‌ای پلیمراز نوع بتا ایفای نقش می‌کند. دی‌ان‌ای پلیمرازهای دتا و اپسیلون هم در همانندسازی دوبارهٔ بخش حذف شدهٔ دی‌ان‌ای و همچنین اصلاح عدم تطابق‌ها فعالیت دارند. دی‌ان‌ای پلیمراز نوع زتا در کنار گذاشتن آسیب بدون شکاف دادن آن نقش دارد.[۵]
منابع ویرایش
- ↑ Lehman, I. R. (2003-09-12). "Discovery of DNA Polymerase". Journal of Biological Chemistry (به انگلیسی). 278 (37): 34733–34738. doi:10.1074/jbc.X300002200. ISSN 0021-9258. PMID 12791679.
- ↑ ۲٫۰ ۲٫۱ "DNA Polymerase Function". News-Medical.net (به انگلیسی). 2019-04-11. Retrieved 2020-06-05.
- ↑ "DNA replication". Wikipedia (به انگلیسی). 2020-05-29.
- ↑ Bębenek, Anna; Ziuzia-Graczyk, Izabela (2018-10-01). "Fidelity of DNA replication—a matter of proofreading". Current Genetics (به انگلیسی). 64 (5): 985–996. doi:10.1007/s00294-018-0820-1. ISSN 1432-0983. PMC 6153641. PMID 29500597.
{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link) - ↑ Wood, R. D.; Shivji, M. K. (Spring 1997). "Which DNA polymerases are used for DNA-repair in eukaryotes?". Carcinogenesis. 18 (4): 605–610. doi:10.1093/carcin/18.4.605. ISSN 0143-3334. PMID 9111189.
- زیست‌شناسی و آزمایشگاه ۲، سال سوم آموزش متوسطه
- Brown TA (2001)Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Blackwell Scientific Publication , Oxford.
- Primrose SB, Twyman RM ,Old RW (2001) Principles of Gne Manipulation ,6th edn. Blackwell Scientific Publication , Oxford.