سی اس-بلست
سی اس بلست یک ورژن [۱] اصلاح شدهٔ بلست[۲]، برنامه‌ای برای جستجوی توالی پروتئین است.
زیست شناسان عموماً عمل جستجوی توالی‌ها را انجام می دهند، تا بتوانند عملکرد یک پروتئین ناشناخته را از روی توالی اش حدس بزنند. برای این منظور، توالی پروتئین با میلیون‌ها توالی پروتئینی دیگر مقایسه می‌شود. عملکرد توالی با توجه به عملکرد توالیهایی که بیشترین تشابه به آن را دارند حدس زده می‌شود.[۳]
نحوه ی اجرا ویرایش
سی اس-بلست مانند یک بسته بندی حول بلست عمل می‌کند. به‌طوری‌که توالی‌های پروتئین را، با سرعت و میزان خطای یکسان، دو برابر بیشتر از بلست پیدا می‌کند. [۴] در حالیکه احتمال اینکه آمینو اسیدها به نوع دیگری از آمینو اسیدها در پروتئین مورد نظر جهش پیدا کند،تنها بستگی به آمینو اسید هلی تک رشته‌ای در بلست و دیگر برنامه‌های جستجوی توالی دارد،احتمال جهش در سی اس-بلست وابسته به مکانهای محلی توالی است.
یک توسیع سی اس-بلست برای جستجوی متوالی بوسیلهٔ ماتریس‌های نمره دهی موجود است. این برنامه (سی اس آی- بلست) مشابه برنامه پی سی ای-بلست است.[۵]. دو بار تکرار جستجوی سی اس آی-بلست، حساسیت(sensitivity) بیشتری نسبت به پنج بار تکرار جستجوی پی سی اس آی-بلست دارد.[۴]
جستارهای وابسته ویرایش
منابع ویرایش
- ↑ "Better Sequence Searches Of Genes And Proteins Devised". ScienceDaily. Mar. 7, 2009. Retrieved 2009-08-14.
{{cite web}}: Check date values in:|date=(help) - ↑ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990). "Basic local alignment search tool". J Mol Biol. 215 (3): 403–410. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link) - ↑ Davison DB (2002). "An overview of sequence similarity ("homology") searching". Curr Protoc Bioinformatics. Chapter 3: Unit 3.1. doi:10.1002/0471250953.bi0301s00. PMID 18792936.
{{cite journal}}:|chapter=ignored (help) - ↑ ۴٫۰ ۴٫۱ Biegert A, Soeding J (2009). "Sequence context-specific profiles for homology searching". Proc Natl Acad Sci USA. 106 (10): 3770–3775. doi:10.1073/pnas.0810767106. PMC 2645910. PMID 19234132.
- ↑ Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. (1997). "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs". Nucleic Acids Res. 25 (17): 3389–3402. doi:10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917. PMID 9254694.
{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «CS-BLAST». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی.