جامعه اسلامی دانشجویان، در سال ۱۳۶۸ توسط [[محمد نصر اصفهانی]]، مهدی فضائلی، امیرحسین درخشان، محمد رضا مرادیان و محمد صادق سهلانی در [[دانشگاه تهران]] تأسیس شد.
اولین کنگره جامعه اسلامی دانشجویان به مدت دو روز به همت دکتر نصر اصفهانی در سال ۱۳۷۵ با پیام رهبریرهبر معظم انقلاب و سخنرانی آقای [[ناطق نوری]]، رئیس وقت [[مجلس شورای اسلامی]] در تالار علامه امینی دانشگاه تهران آغاز و پس از تصویب اساسنامه و خط مشی دوسالانه و انتخاب ۲۵ نفر عضو شورای مرکزی با سخنرانی آیت الله [[یزدی]]، رئیس وقت [[قوه قضائیه]] پایان یافت. این کنگره یکی از نقاط برجسته فعالیت جامعه اسلامی دانشجویان از بدو فعالیت‌های آن در نیمه دوم دهه ۶۰ تا پایان نیمه اول دهه ۷۰ به‌شمار می‌رود.
از ابتدا افکار و اندیشه‌های استاد [[مرتضی مطهری]] (به عنوان مبنای فکری و اندیشه‌ها و افکار [[سید محمد بهشتی]] (ره) به عنوان مبنای اندیشه سیاسی و تشکیلاتی جامعه اسلامی دانشجویان قرار گرفته‌است؛ و افکار و اندیشه‌های این دو متفکر به عنوان دو جریان اصلی و دو شاخص خط [[امام خمینی]] (و رهبر انقلاب و اسلام ناب محمدی (ص)، به صورت یک منظومهٔ منسجم، سازوار و هماهنگ برای فعالیت‌های فرهنگی، سیاسی و تشکیلاتی اساس، مبنا و میزان قرار گرفته‌است.
این تشکل جمهوری اسلامی ایران و ولایت مطلقه فقیه را بارزترین میراث [[امام خمینی]] و ثمره قرن‌ها مجاهدات صدها هزار نفر از زنان و مردان ایثارگر می‌داند و حفظ و ارتقاء نظام [[جمهوری اسلامی]] را برترین وظیفه و رسالت خود می‌داند و معتقد است دانشگاه و حوزه اصلی‌ترین پایگاه و مهم‌ترین نقش را در ساختن جهانی انسانی و اسلامی در هزاره سوم دارند.
هم اکنون جامعه اسلامی دانشجویان در نزدیک به هفتادهشتاد دانشگاه کشور و در اکثر استان‌های کشوراستان‌ها مشغول به فعالیت است که شامل دانشگاه‌هایی از [[وزارت علوم، تحقیقات و فناوری]]، [[وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی]]، [[وزارت آموزش و پرورش]]، [[وزارت نفت]] و [[قوه قضائیه]] می‌شود و بدین ترتیب بزرگترین اتحادیه دانشجویی سراسر کشور می باشد.
از شاخصه‌های مهم این تشکل، وجود ساختار تشکیلاتی قوی آن می‌باشد که دارای یکی از بزرگترین و کاملترین سیستم های تشکیلاتی در میان تشکل‌های دانشجویست. علاوه بر کمیسیون‌های تخصصی زیر مجموعه اتحادیه جامعه اسلامی دانشجویان، مجامع نمایندگان این تشکل به مصاحبهمثابه مجلس شورای اسلامی بوده (اعضای هیئت رئیسه فعلی مجامع: امین اسلامی، علیرضا رحیمی) و هیئت عالی نظارت این اتحادیه (هم اکنون: علی پهلوان کاشی (دبیرکل سابق)، میثم ایمانی (دبیر سابق دانشگاه علوم قضایی) و جهانبخش سلمانیان (از ادوار این اتحادیه))وظیفه‌ای همانند شورای نگهبان را برای این تشکل ایفا می‌کنند.
بعنوان نمونه ای از دفاتر این تشکل، جامعه اسلامی دانشجویان دانشگاه بوعلی سینا به عنوان بزرگترین تشکل دانشجویی غرب کشور نقش به سزایی در فعالیت‌های فرهنگی و سیاسی ایفا می‌کند که از فعالیت‌های آن می‌توان به همایش ده هزار نفری مرگ بر آمریکا که در ۲۴ خرداد ۱۳۹۴ در باغ موزه همدان<ref>[http://www.tasnimnews.com/Home/Single/769812/همایش بزرگ «مرگ بر آمریکا» در همدان برگزار شد]</ref> و همایش «به نمایندگان بگویید» یا موضوع برجام و مذاکره با آمریکا با حضور [[دکتر زاکانی]] و [[دکتر کارخانه‌ای]] در ۹مهر۱۳۹۴ و همایش منطقه‌ای امت واحده با پیام نوری همدانی<ref>[http://www.iqna.ir/fa/news/3456741/دبیرخانه دائمی همایش امت واحده اسلامی در همدان تشکیل می‌شود]</ref> و تشکیل دفتر مطالبه عدالت برای پیگیری مطالبات رهبری از مسئولین اشاره کرد.<ref>[http://www.snn.ir/detail/News/450962/168/گزارش همایش «به نماینده‌های مجلس بگویید»]</ref>
