در همان مجلس در تاریخ ۱۳۶۹/۱۲/۲۸ طی نطقی درباره ولایت فقیه گفته بود:
{{نقل قول|''<small>اگر علما و مسؤولین فعلی جامعه از خرداد ۴۲ تا خرداد ۶۸ از روح خدا ، ولی فقیه زمان، ... اطاعت مطلوب می‌کردند امروز ما صدها و هزاران ولی فقیه در جامعه داشتیم و در جهان اسلام از آن‌ها بهره می‌جستیم [!!]... ولایت فقیه، ولایت قرآن، ولایت انبیاء و اولیاء و در نهایت ولایت خدا برای آن است که انسان‌ها گرفتار ولایت ابلیس و شیاطین نشوند و به ولایت مطلقه‌ی الهی یعنی بندگی محض خدا که هدف آفرینش جهان که سعادت مطلق انسان در آن است برسند.</small><ref>chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/https://www.ical.ir/ical/UploadedDatafa/284Content/Contents4_artmajles1/636505863322800004.pdfمشروح%D8%AC%D9%84%D8%B3%D9%87-349-%D8%B1%D9%88%D8%B2-%D8%B3%D9%87%D8%B4%D9%86%D8%A8%D9%87-28-%D8%A7%D8%B3%D9%81%D9%86%D8%AF%D9%85%D8%A7%D9%87-1369مشروح مذاکرات مجلس شورای اسلامی دوره سوم جلسه مورخ ۱۳۶۹/۱۲/۲۸]{{پیوند مرده|date=اکتبر ۲۰۱۹ |bot=InternetArchiveBot }}</ref>''||}}در دوره [[مجلس ششم ایران|ششم مجلس]]، باقری‌نژادیان و ۱۲۶ تن دیگر از نمایندگان مجلس اقدام به انتشار [[نامه جام زهر|نامه‌ای سرگشاده]] خطاب به [[سید علی خامنه ای]] نموده و طی آن به زعم خود خواستار نجات کشور از شرایط بحرانی شدند.<ref>[http://www.radiofarda.com/content/article/337163.html متن نامه ۱۲۷ نماینده مجلس ششم موسوم به نامه جام زهر]</ref> انتشار این نامه در زمان حمله آمریکا به عراق در بهار سال ۱۳۸۲ شمسی و سقوط [[صدام حسین]] صورت پذیرفت.<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=|وبگاه=پرسمان دانشجویی|نشانی=http://www.siasi.porsemani.ir/node/885|عنوان=نمايندگان مجلس ششم-نامه نمايندگان مجلس ششم|accessdate=۲۸ مارس ۲۰۱۷|archiveurl=https://web.archive.org/web/20180129004458/http://www.siasi.porsemani.ir/node/885|archivedate=۲۹ ژانویه ۲۰۱۸|dead-url=yes}}</ref>
