مهدی باکری در ۳۰ فروردین ۱۳۳۳ در روستای رحمت[[دهستان آبادمرحمت‌آباد جنوبی|مرحمت‌آباد]]، [[میاندوآب]] و در خانواده‌ای مذهبی زاده شد. پدر وی در [[جمهوری آذربایجان]] به دنیا آمده و پس از استیلای ارتش سرخ بر جمهوری آذربایجان به ایران کوچ کرد. در کودکی مادرش را از دست داد. برادر بزرگتر او، [[علی باکری]] از اعضای [[سازمان مجاهدین خلق]] بود. وی پس از اخذ مدرک دیپلم ریاضی متوسطه، وارد [[دانشگاه تبریز]] شد و در رشته [[مهندسی مکانیک]] شروع به تحصیل کرد. در دوران دانشجویی، فعالیت سیاسی را آغاز کرد و در این دوره با افرادی چون [[سید یحیی رحیم‌صفوی]] و [[حسین علائی]] آشنا شد، که این تشکل‌های دانشجویی نقش مهمی در برپایی تظاهرات شهر [[تبریز]] در ۱۵ خرداد ۱۳۵۴ و ۱۳۵۵ داشتند. همان زمان وی توسط [[ساواک]] شناسایی شد و بارها برای بازجویی فراخوانده و تحت نظر آزاد شد. در حین تحصیل خبر مرگ برادرش، [[علی باکری]] را به وی دادند، که توسط رژیم پهلوی اعدام شده بود.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=زندگینامه: مهدی باکری (۱۳۳۳ - ۱۳۶۳)|نشانی=https://www.hamshahrionline.ir/news/205538/%D8%B2%D9%86%D8%AF%DA%AF%DB%8C%D9%86%D8%A7%D9%85%D9%87-%D9%85%D9%87%D8%AF%DB%8C-%D8%A8%D8%A7%DA%A9%D8%B1%DB%8C-%DB%B1%DB%B3%DB%B3%DB%B3-%DB%B1%DB%B3%DB%B6%DB%B3|وبگاه=همشهری آنلاین|تاریخ=2013-03-17|بازبینی=2024-01-20|کد زبان=fa}}</ref><ref>{{یادکرد وب|نشانی=https://www.irna.ir/news/83714872/%D9%85%D9%87%D8%AF%DB%8C-%D8%A8%D8%A7%DA%A9%D8%B1%DB%8C-%D8%B1%D9%88%D8%A7%DB%8C%D8%AA-%DA%AF%D8%B1-%D8%AD%D8%AF%DB%8C%D8%AB-%D9%85%D9%82%D8%A7%D9%88%D9%85%D8%AA|وبگاه=www.irna.ir|بازبینی=2024-01-20|عنوان=مهدی باکری؛ روایت‌گر حدیث مقاومت}}</ref>
با وقوع [[انقلاب ایران (۱۳۵۷)|انقلاب]] مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی بخشی از نیروهای [[سپاه پاسداران انقلاب اسلامی]] داشت. وی برای مدتی نیز شهردار ارومیه بود و دوره کوتاهی نیز دادستان دادگاه انقلاب ارومیه بود. او هم‌زمان با فعالیت در سپاه، مسئولیت شهرداری [[ارومیه]] را نیز بر‌عهده داشت. باکری اندکی پس از آغاز [[جنگ ایران و عراق]] ازدواج کرد و یک روز پس از ازدواج نیز عازم جبهه‌های جنوب شد.
