مسی بین سال‌های ۲۰۰۰ تا ۲۰۰۳ ابتدا در تیم نوجوانان بارسلوناشموشک نوشهر و پس از آن در تیم مبتدیان A و B بارسلونابرق شیراز بازی کرد و در تیم مبتدیان A توانست ۳۷ گل را در ۳۰ بازی به ثمر رساند. وی در سال ۲۰۰۳ به دلیل مشکلات مالی باشگاه تا مرز جدایی از تیم بارسلونابرق شیراز پیش رفت. اما مربی تیم جوانان مدیریت را قانع کرد تا او را در باشگاه حفظ کند([[سسک فابرگاس]] در طول این بحران از تیم جدا شد).<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.givemesport.com/369519-barcelona-almost-let-lionel-messi-leave-for-free |عنوان=بارسلونا تقریباً لیونل مسی را بازیکن آزاد اعلام کرد | ناشر =سایت GiveMeSport.com |تاریخ = |تاریخ بازبینی=۱۵ سپتامبر ۲۰۱۳}}</ref> مسی در فصل ۰۴-۲۰۰۳ با رکوردی عجیب در ۵ تیم مختلف بازی کرد.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده =Sarmiento, Sandra; Marcet, Jaume |نشانی=http://arxiu.fcbarcelona.cat/web/english/noticies/futbol/temporada09-10/09/n090918106812.html |عنوان=از تیم مبتدیان B تا شماره یک جهان | ناشر =سایت رسمی باشگاه فوتبال بارسلونا |تاریخ =۹ ژانویه ۲۰۱۲ |تاریخ بازبینی=۸ ژوئیه ۲۰۱۴}}</ref> او اولین بازی اش در تیم مبتدیان B را با یک گل آغاز کرد و به تیم A ارتقا یافت و در ۱۴ بازی ۲۱ گل به ثمر رساند. پس از آن در ۲۹ نوامبر ۲۰۰۳ در تیم C بارسلونا آغاز به کار کرد و سپس در ۶ مارس ۲۰۰۴ در تیم B بارسلونا مشغول به بازی شد. او در طول فصل برای هر دو تیم بازی کرد و در ۱۰ بازی پنج گل به ثمر رساند و در پنج بازی بعدی نتوانست گلی به ثمر رساند.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده =Mika Kähkönen |نشانی=http://kahkonen.arkku.net/messi/?matches/index/2003-04o |عنوان=آمار بازی‌های لیونل مسی | ناشر = |تاریخ =۲۸ دسامبر ۲۰۱۳ |تاریخ بازبینی=۸ ژوئیه ۲۰۱۴}}</ref><ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://hemeroteca.mundodeportivo.com/preview/2003/11/29/pagina-46/563828/pdf.html?search=Messi# |عنوان="Messi debuta en elBarça C en el derbifrente al Europa" - به اسپانیولی | ناشر = |تاریخ =۲۵ دسامبر ۲۰۱۱ |تاریخ بازبینی=۸ ژوئیه ۲۰۱۴}}</ref><ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://hemeroteca.mundodeportivo.com/preview/2005/08/26/pagina-13/765467/pdf.html?search=Messi# |عنوان="Messi estará en el stage de Peralada" - به اسپانیولی | ناشر = |تاریخ =۲۵ دسامبر ۲۰۱۱ |تاریخ بازبینی=۸ ژوئیه ۲۰۱۴}}</ref> مسی اولین بازی رسمیش در ترکیب اصلی بارسلونا را در ۱۶ نوامبر ۲۰۰۳ زمانی که ۱۶ سال و ۱۴۵ روز داشت در دیداری دوستانه برابر [[باشگاه فوتبال پورتو|پورتو]] انجام داد.<ref name="Database">{{یادکرد وب|نشانی=http://www.footballdatabase.com/index.php?page=player&Id=222&b=true|عنوان="Lionel Andres Messi — FCBarcelona and Argentina|زبان=انگلیسی|ناشر=Football Database|تاریخ=۲۳ اوت ۲۰۰۶}}</ref><ref>{{یادکرد خبر|نام=Mark and Duke, Greg|نام خانوادگی=Tutton|پیوند=http://edition.cnn.com/2009/SPORT/football/05/22/messi.football.best.world/index.html|عنوان=Profile: Lionel Messi |ناشر=CNN|زبان=انگلیسی|بازدیابی=۱۸ اوت ۲۰۱۱}}</ref><ref name="barcaBC">{{یادکرد وب | عنوان=Leonel Messi, el prototipo del jugador total | نشانی=http://hemeroteca.mundodeportivo.com/preview/2004/03/08/pagina-12/766444/pdf.html?search=Messi | ناشر=El Monndo Deportivo | تاریخ بازبینی=۲۴ مه ۲۰۱۲ | زبان=اسپانیایی}}</ref> کمتر از یک سال بعد، در ۱۶ اکتبر ۲۰۰۴، [[فرانک ریکارد]]، مسی را در بازی مقابل [[باشگاه فوتبال اسپانیول|اسپانیول]] به میدان فرستاد تا اولین بازیش را در [[لالیگا]] انجام دهد (در حالی که ۱۷ سال و ۱۱۴ روز سن داشت). او تاکنون سومین بازیکن جوان بارسا است که در لالیگا بازی کرده‌است. جوانترین بازیکنی که در لیگ برای باشگاه به میدان رفته‌است [[بویان کرکیچ]] است که این رکورد را در سپتامبر ۲۰۰۷ به‌دست‌آورد. وقتی لیونل نخستین گل خود برای باشگاه را در برابر [[باشگاه فوتبال آلباسته|آلباسته]] در تاریخ ۱ مه ۲۰۰۵ به‌ثمر رساند، تنها ۱۷ سال و ده ماه و هفت روز سن داشت و همین هم باعث شد که جوانترین گلزن تاریخ بارسلونا در لالیگا شود.<ref>{{یادکرد وب|نشانی=http://www.fcbarcelona.com/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071016101878.html|عنوان=Meteoric rise in three years|ناشر=باشگاه فوتبال بارسلونا|زبان=انگلیسی|تاریخ بازدید=۱۸ اوت ۲۰۱۱}}</ref> البته تا زمانی که کرکیچ با گل زدن روی پاس گل مسی در سال ۲۰۰۷ این رکورد را بشکند.<ref>{{یادکرد خبر|نام=Sergi|نام خانوادگی=Nogueras|پیوند=http://www.fcbarcelona.cat/web/english/noticies/futbol/temporada07-08/10/n071020101276.html|عنوان=Krkic enters the record books|ناشر=باشگاه فوتبال بارسلونا|تاریخ=۲۱ اکتبر ۲۰۰۷|تاریخ بازدید=۱۸ اوت ۲۰۱۱}}</ref> مسی در مورد سرمربی سابقش، فرانک رایکارد، گفته‌است: {{نقل قول|واقعیت این است که ریکارد عامل اصلی پیشرفت من بود. اعتمادی که او در موقعی که من فقط شانزده یا هفده ساله بودم به من داشت را هرگز فراموش نخواهم کرد<ref>{{یادکرد وب|نشانی=http://www.soccerway.com/news/2009/December/10/messi-rijkaard-gave-us-more-freedom/|عنوان= "Messi: "Rijkaard gave us more freedom|زبان=انگلیسی|ناشر=soccerway|تاریخ=۱۰ دسامبر ۲۰۰۹|تاریخ بازدید=۱۹ اوت ۲۰۱۱}}</ref>
