امروزه سه پیشنهاد مختلف برای طبقه بندیطبقه‌بندی آغازیان وجود دارد. تفاوتهای عمیق این طبقه بندی هاطبقه‌بندی‌ها خود گواه اختلاف عقاید در این زمینه است. طبقه بندیطبقه‌بندی اول بر اساس تفاوتهای مولکولی موجود در زیر واحدهای ریبوزومی انجام شده است. طبقه بندیطبقه‌بندی دوم با تحلیل هم نیایی (کلادیستیک) ویژگی هایویژگی‌های بسیار گسترده (از جمله زیر واحدهای ریبوزومی) ارائه شده است. طبقه بندیطبقه‌بندی سوم، خطوط اصلی ارزیابی مجدد تکاملی آغازیان را نشان می دهدمی‌دهد و هدف از آن به دست دادن نوعی طبقه بندیطبقه‌بندی موقتی “دم دست” است تا اینکه در آینده ارتباطات تکاملی بهتری ارائه شود. در جایی که دانشمندان می پذیرندمی‌پذیرند که طبقه بندیطبقه‌بندی آغازیان با مشکلاتی روبرو هستند، مقایسه یمقایسهٔ این سه طرح نشان می دهدمی‌دهد که برخی گروهها با یکدیگر مرتبط شناخته شده اندشده‌اند (مانند [[مژکداران]] و دینوفلاژلیتها) و در همان حال طبقه بندیطبقه‌بندی گروهی دیگر همچنان در پرده ایپرده‌ای از ابهام قرار دارد (مانند [[ژیاردیا]])
سلسله یسلسلهٔ آغازیان سلسله ایسلسله‌ای مبهم است که گروه هایگروه‌های مختلف بسیاری از موجودات تک یاخته اییاخته‌ای را شامل می شودمی‌شود. موجودات تک یاخته اییاخته‌ای پیچیده مانند ورتیسلا (شاخه سیلیوفورا)، که غیر خودخوراک ساز است و از باکتریها تغذیه می کندمی‌کند و دارای ساقه قابل انقباضی است، در هیچهیچ‌یک یک ازگروه هایازگروه‌های جانوران یا گیاهان قرار نمی گیرندنمی‌گیرند و به عنوان آغازیان طبقه بندی میطبقه‌بندی شوندمی‌شوند.
جلبکها، یعنی [[جلبکهای سبز]] از شاخه کلروفیتا، شامل موجودات پریاخته ایپریاخته‌ای هستند. در هر یک از این شاخهشاخه‌ها، ها، پریاخته ایپریاخته‌ای شدن جداگانه به وجود امده است که ارتباط هایارتباط‌های مستقیمی با آغازیان تک یاخته اییاخته‌ای گوناگون دارند. جلبکهای سبز جد گیاهان محسوب می شوندمی‌شوند ولی گیاهان و جلبکهای سبز تفاوتهای بسیار اساسی با یکدیگر دارند. علاوه بر این سه گروه مهم، تعدادی دیگر از شاخه هایشاخه‌های آغازیان نیز در دوره یدورهٔ تکاملی خود پریاخته ای شدهپریاخته‌ای اندشده‌اند.
آغازیان را میتوانیممی‌توانیم در هفت گروه قرار دهیم (جدول مقابل). بسیار مشکل است که انواع متنوع آنها را در یک طرح ساده بگنجانیم. کتابها بطور سنتی آنها را به شکلی غیر طبیعی (مانند آنچه در قرن نوزدهم اجرا شد) به فتوسنتز کننده هاکننده‌ها (جلبکها)، غیرخودخوراک سازها (پروتوزوآها) و جذب کننده هاکننده‌ها (آغازیان شبه قارچ) تقسیم بندی می کنندمی‌کنند.
در یکی دیگر از طبقه‌بندیها اغازیان به چهار گروه عمده [[اکسکاواتا]] (Excavata)، ریزاریا (Rhizaria)، [[تک‌تاژکان]] (Unikonta) و آرکئاپلاستیدا (Archaeplastida) تقسیم شده اندشده‌اند.
