ورود به میتوکندری: ابتدا در سیتوزوم آنزیم‌هایی مانند [[آسیل کوآ سنتتاز]] (تیوکیناز) اسید چرب را به آسیل چرب کوآ تبدیل می‌کند. در این واکنشATP به AMP و PPi تبدیل می‌شود. در ادامه آسیل کوآ با زنجیره کوتاه و متوسط (کمتر از ۱۰ کربن) به راحتی وارد میتوکندری می‌شوند. آسیل کوآ با زنجیره بلند (بیش از ۱۲ کربن) به راحتی از غشای خارجی میتوکندری عبور می‌کنند ولی قادر به عبور از غشای داخلی میتوکندری نیستند. عبور آسیل کوآی بلند زنجیره از غشای داخلی میتوکندری با استفاده از [[کارنیتین]] و در سه مرحله صورت می‌پذیرد
=== شروع چرخه ===
شروع چرخه: در ماتریکس میتوکندری طی واکنش‌هایی که هر بار به ترتیب توسط آنزیم‌های [[آسیل کوآ دهیدروژناز]]، [[هیدراتاز]]، [[بتا-هیدروکسی آسیل کوآ دهیدروژناز]] و [[بتا-کتوتیولاز]] و بصورت متوالی بر روی آسیل کوآ انجام می‌گیرد در هر چرخه دو مولکول کربن طی یک [[استیل کوآ]] از اسید چرب جدا می‌شود تا بتدریج تمام اسید چرب تجزیه شود.
=== سرنوشت استیل-کوآ ===
سرنوشت استیل-کوآ: استیل کوآی تولید شده وارد [[چرخه اسید سیتریک]] می‌شود. در طول چرخه به ازای هر co۲ یک ATP و ۴H۲ در فرم ۳NADH۲ و یک FADH۲ تولید می‌شود. در این واکنشها اکی والان‌های احیایی زنجیره آسیل به شکل FADH2 و NADH در می‌آیند و انرژی حاصله ذخیره می‌شود.
=== اسیدهای چرب غیراشباع: === بتا اکسیداسیون اسیدهای چرب غیر اشباع بخاطر وجود پیوندهای دوگانه در ساختمانشان انرژی کمتری ایجاد می‌نمایند. واکنشها مشابه است ولی دو آنزیم ایزومراز واپی مراز نیز دخل هستند.
بیشتر اسیدهای چرب شرکت کننده در ساختار تری گلیسریدها از نوع اسیدهای چرب غیر اشباع با یک یا چند پیوند دوگانه می‌باشند که نوع پیوند CIS می‌باشند وبنابراین نمی‌توانند توسط آنزیم انوئیل کوآ هیدراتاز تحت تاثیر قرار گیرند. دو آنزیم انوئیل کوآ ایرومراز و ۲و ۴ دی انوئیل کوآ ردوکتاز برای این مسیر علاوه بر آنزیم‌های بتا اکسیداسیون اسیدهای چرب اشباع مورد نیاز است
