در اواسط اسفندماه ۱۳۵۳ به زندان [[اوین]] برده میشود و در شبانگاه ۲۹ فروردین ۱۳۵۴ همراه با ۶ نفر از رفقای گروه و ۲ نفر از زندانیان مجاهد در تپههای [[اوین]] توسط مأمورین [[ساواک]] و شکنجهگران زندان [[اوین]] تیرباران میگردد.
شش فدایی، [[حسن ضیاظریفی]]، [[احمد جلیلی افشار]]، [[مشعوف کلانتری]]، [[عزیز سرمدی]]، [[محمد چوپانزاده]]، [[عباس سورکی]]. و دو مجاهد [[مصطفی جوان خوشدل]]، [[سید کاظم ذوالانواری]] همراه با بیژن جزنی تیرباران شدند. روزنامههای نظامکشور سلطنتیدر فردای آن روز کشتاراز اعدام بیژن و یارانش خبر دادند که ۹ زندانی در حین فرار از زندان کشته شدند. این موضوع تا زمان انقلاب بهمن و دستگیری و محاکمهٔمحاکمه شکنجهگرانکارکنان ساواک مسکوت ماند. در دادگاهِ کوتاه آرش شکنجهگربازجوی ساواک پس از [[انقلاب ایران|انقلاب]]، تشریح کرد که بیژن و یارانش را به تپههای اوین برده و در آنجا به رگبار گلوله بستند. پیکر او در [[قطعه ۳۳ بهشت زهرا]] ردیف ۱۱۹ شماره ۴ به خاک سپرده شد.
بیژن جزنی هرگز از مواضع خود عدولکوتاه نکردنیامد و به فعّالیتهای نظری و عملی خود ادامه داد. همهٔ آثار بیژن جزنی در زندان و طی سالهای ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۳ نوشته شده است. این آثار بیانگر تلاش بخشی از [[چپ (گرایش سیاسی)|چپ]] ایران در دو دههٔ ۱۳۴۰ و ۱۳۵۰ است که میخواست ضمن حفظ استقلال خود از چین و شوروی، بر بنیان منافع و مصالح جامعه ایران فعالیت کند، بررسی انتقادی آثار او، که مویّد این امر است.{{مدرک}}