اطلاعات دقیقی در خصوص زندگی او در دسترس نیست اما مشخص است که وی در ۱۳۲۸ قمری از [[اصفهان]] به [[نجف]] مهاجرت کرد و علوم فقه و اصول و حدیث را فراگرفت. او همچنین در علوم ریاضی سرآمد دوره خویش بود.<ref name="راسخون"/>
گفته شده استشده‌است زمانی که او در درس [[سید ابوالحسن اصفهانی]] حضور داشت، سید ابوالحسن اصفهانی نامه‌ای را که جمعی از شیعیان شمال پاکستان به وی فرستاده بودند و درخواست عالمی برای تبلیغ دین کرده بودند را خوانده و از جمع خواست تا یک نفر از آن بین اعلام آمادگی کند. سید ابوالقاسم خوانساری برای این کار اعلام آمادگی کرده بود.<ref name="JM">[http://www.miu.ac.ir/index.aspx?fkeyid=&siteid=23&pageid=19126&newsview=47709 لزوم گردآوری آثار آیت‌الله خوانساری]، مرکز خبر و اطلاع‌رسانی جامعه المصطفی</ref>
== زندگی در پاکستان ==
در خصوص زمان هجرت و زندگی وی در [[پاکستان]] اطلاعات چندانی در دست نیست. او در زمان زندگی در پاکستان از لحاظ مالی بسیار در فقر بسر برده است و البته از طرف برخی افراد مورد آزار و اذیت بسیار قرار گرفته استگرفته‌است.
ظاهراً کتابخانه نسبتاً غنی از وی باقی مانده استمانده‌است. وی در سال ۱۳۸۰ قمری در [[گلگت]] [[پاکستان]] وفات یافته و در همان‌جا مدفون شده استشده‌است. مزارش نیز به عنوان زیارتگاهی وجود دارد و مردم برای زیارت به آنجا می‌آیند.<ref>جرعه‌های جانبخش، غلامرضا گلی زواره، نشر حضور، ۱۳۸۰</ref><ref>[[آقابزرگ طهرانی]]، [[طبقات اعلام الشیعه]]، قسم ۱، صفحه ۶۴، قسم ۲، صفحهٔ ۶۴۵</ref><ref>موسوی خوانساری، مقدمهٔ روضاتی، صفحهٔ ۱۹۱</ref>
== شاگردان ==
وی در ریاضی سرآمد استادان در حوزه علمیه [[نجف]] بوده استبوده‌است. [[سید ابوالقاسم خویی]]<ref>[http://www.andisheqom.com/public/application/index/viewData?c=9687&t=article آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی]، مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات اندیشه قم</ref> و [[علامه طباطبایی]]<ref>[http://erfanvahekmat.com/مقاله/زندگی‌نامه_خودنوشت_علامه_طباطبایی زندگی‌نامه خودنوشت علامه طباطبایی]، عرفان و حکمت</ref> و برادرش، [[سید محمد حسن الهی طباطبایی]]<ref>ز مهر افروخته، سید علی تهرانی، سروش، ۱۳۸۰</ref> نزد ایشان به فراگیری ریاضی پرداخته‌اند. گفته شده استشده‌است که او راه حل‌های ساده‌ای برای مسایل پیچیده ریاضی ارایهارائه می‌نموده است، این در حالی است که وی ریاضی را بدون استاد فرا گرفته که نشان از نبوغ بالایش می‌باشد.
== آثار ==
سید ابوالقاسم خوانساری کتابهایی در زمینه علوم مختلف از جمله [[ریاضی]] دارد که از آن جمله می‌توان به «''بحر الحساب''» به فارسی؛ «''اعجاز المهندسین''» یا «''الهندسة آلتی لایحتاج الی الفرجار'' (پرگار)»، رساله «''الجبر و المقابله''»، رساله «''قابلیه التقسیم''» در اعداد، رد «''ابطال الرمل''» و «''تسهیل القسمه''» اشاره نمود.
از جمله کتابهایکتاب‌های دیگر وی «''اعتقادات''» یا «''تاریخ تمدن''»، «''سیاحات المتفکرین فی آراء الملحدین و المتدینین''» یا «''دین بی‌نزاع''» و «''حاشیه بر مستدرک الوسائل [[حسین محدث نوری]]''» را می‌توان یاد نمود.
او هم چنین دیوان اشعاری به نام «''سفائن البحار''» دارد که در این دیوان قصیده‌ای بدون [[ا|الف]] موجود است.<ref name="JM"/>
متأسفانه هیچ‌کدام از آثار وی به چاپ نرسیده استنرسیده‌است و تلاش برای دستیابی به آثار او، در میان نسخ خطی و کتابهایکتاب‌های چاپی در ایران بی‌نتیجه بوده استبوده‌است.
