میناچی بعد از تحمل یک دوره بیماری صبح روز پنجم بهمن ۱۳۹۲ در سن ۸۲ سالگی دارفانی را وداع گفتدرگذشت. او وصیت کرده بود در حسینیه ارشاد دفن شود و محل قبر نیز مشخص بود و مجوز لازم اخذ شده بود، اما تشییع‌کنندگان روز خاکسپاری با ممانعت مأموران روبرو شدند و امکان خاکسپاری در مکانی که میناچی به عنوان مقبره برای خود طراحی کرده بود، فراهم نشد. او در نهایت در [[آرامستان علی ابن جعفر]] در قم به خاک سپرده شد.<ref>[http://www.baharnews.ir/vdcdoj0x.yt0nf6a22y.html چرا میناچی در حسینیه ارشاد دفن نشد؟]</ref> چند تن از فعالان سیاسی قم از جمله [[سعید منتظری]]، [[احمد منتظری]] و [[فاضل میبدی]] در مراسم خاکسپاری میناچی شرکت داشتند و احمد منتظری بر پیکر او، نماز میت اقامه کرد.<ref>[http://fararu.com/fa/news/177805/میناچی-در-قم-دفن-شد میناچی در قم دفن شد]</ref>
