وی پس از کار در انستیتو پاستور، مدتی هم در بیمارستانهای دیگر تهران همچون بیمارستان رازی به طبابت پرداخت و سپس به ریاست بیمارستانهای نجات و لقمان‌الدوله (لقمان حکیم امروزی) رسید و تا زمان بازنشستگی در این قبیل مناصب فعال بود.
== تحقیقات در تاریخ پزشکی ایران ==
دکتر محمود نجم‌آبادی که خود نوه یکی از روسنفکرترین روحانیون تاریخ مشروطیت ایران محسوب می‌شد و از کودکی خویش با موضوعات تاریخی در خانواده اش عجین بود، از نخستین سالهای تحصیل خویش در رشته طب به تاریخ پزشکی ایران علاقه‌مند شد و تحقیق و تألیف در این ارتباط را در تمام سالهای طبابت خویش ادامه داد.
دکتر نجم‌آبادی بخصوص تحقیقاتی کم‌نظیر و منحصربفرد دربارهٔ دو پزشک نامدار ایران، یعنی ابن سینا و زکریای رازی به انجام رسانید، طوریکه علاوه بر تالیفات متعدد در این ارتباط در اکثر کنگره‌های ملی و بین‌المللی دربارهٔ ابن‌سینا و رازی سخنرانی داشت.
وی از جوانی خویش و برای سالها عضو و سپس نایب رئیس انجمن بین‌المللی تاریخ طب در پاریس بود. وی به زبان‌های آلمانی، فرانسوی و عربی تسلط داشت و تحقیقاتی در زمینهٔ تاریخ طب و طب سنتی انجام داد و آثاری در این زمینه نوشت. او همچنین ماهنامهٔ «جهان پزشکی» را تأسیس و منتشر نمود.
استاد دکتر محمود نجم‌آبادی با بیش از پنجاه سال کار تحقیق و تألیف توانسته‌است در این راه قدمهای مؤثری بردارد و خدمات گرانسنگی عرضه نماید.
