حکمتیار دلیل مخالفتش با حکومت مجاهدینبرهان الدین ربانی را غصب قدرت و اشغال نظامی کابل ، نقض پیمان مجاهدین برای یک حکومت فراگیر توسط جنگ سالار دیگر احمد شاه مسعود و موجودیت نیروهای کمونیستی [[عبدالرشید دوستم]] بیان می‌نمود اما بعداً با [[عبدالرشید دوستم|دوستم]] و [[حزب وحدت اسلامی افغانستان|حزب وحدت]] ''شورای هماهنگی'' را به وجود آورد و دست به کودتایی علیه حکومت وقتبرهان الدین ربانی زد. این کودتا به شکست انجامید و غیرنظامیان زیادی در آن کشته شدند. در پی آن قسمت‌های زیادی از شهر کابل ویران شد. او و احمد شاه مسعود یکی از مهمترین افراد در شروع و دوام [[جنگهای داخلی افغانستان|جنگهای داخلی]] به‌شمار می‌آیدمی‌آیند. ویهر دو شهر کابل را مستقیماً و به‌صورت علنی مورد بمباران قرار داددادند<ref name="BDW" /> که باعث شروع دورهٔ جدیدی از [[جنگ داخلی افغانستان (۱۹۹۲-۱۹۹۶)|جنگ داخلی در افغانستان در سال‌های ۱۹۹۲ تا ۱۹۹۶]] شد.<ref name=":1" /> در طول این جنگ شهرهای [[کابل]]، [[هرات]]، [[مزار شریف|مزارشریف]] و [[قندهار]] بیشترین میزان خشونت و تلفات را نسبت به شهرهای دیگر دادند و تنها در شهر کابل بیش از ۵۰٬۰۰۰ غیرنظامی کشته‌شده و موج عظیمی از مهاجرت‌ها از افغانستان به‌خصوص از شهر کابل آغاز شد.
[[حزب اسلامی گلبدین، حزب جمعیت ، حزب وحدت ، حزل اتحاد و شورای نظار حکمتیار]] از سوی نهادهای حقوق بشری و فعالان مدنی متهم به دست داشتن در کشتار غیرنظامیان در این جنگ شده‌استشده‌اند. به گزارش این گروه‌ها حکمتیاراحزاب فوق الذکر مسئول برخیتمام از فجایع جنگ ازکه جملهدر موشک‌پرانی ماه اوتسال سال ۱۹۹۲ استشروع شد هستند. همچنین براساس گزارش [[کمیته بین‌المللی صلیب سرخ]]، حکمتیار به صورت مستقیم مسئول کشتار حداقل۱۸۰۰ تن و زخمی کردن بیش از ۸۰۰۰ غیرنظامی است. نهاد بین‌المللی دیده‌بان حقوق بشر نیز او را به نقض حقوق بشر از جمله ناپدید شدن اجباری مخالفان سیاسی، داشتن یک زندان زیرزمینی در [[پاکستان]] و شکنجه در آن، و حملات خشونت‌آمیز به سازمان‌های غیردولتی فعال در زمینه برنامه‌های آموزش و بهداشت برای زنان افغان در اردوگاه‌های پناهندگان در پاکستان، متهم می‌کند.<ref name="UNGH" />
=== زندگی مخفی ===
حکمتیار پس از اشغال [[کابل]] توسط [[طالبان]] با [[برهان الدین ربانی]] به سمت شمال رفت و از آنجا راهی [[ایران]] شد و در [[تهران]] ساکن شد. اگرچه پس از سقوط طالبان و خروج از ایران علیه این کشور موضع گرفت. نمونه‌ای از موضع‌گیری‌های او علیه ایران، بیانیه‌ای است که در سایت آژانس اسلامی افغانستان در تیرماهسرطان ۱۳۹۴ منتشر شده و در آن ایران را به «دمیدن در آتش جنگهای فرقه‌ای و درگیری‌ها» متهم کرده‌است.<ref>[http://www.baharnews.ir/vdcgq797.ak9x74prra.html]</ref> ایران رسماً اعلام کرده بود که ''حکمتیار را بنابه درخواست افغانستان و چند کشور غربی'' پذیرفته‌است.<ref>{{cite web|url=http://www.tehrantimes.com/news/75773/Hekmatyar-Leaves-Iran|title=Archived copy|accessdate=2016-10-16|archiveurl=https://web.archive.org/web/20161018202936/http://www.tehrantimes.com/news/75773/Hekmatyar-Leaves-Iran|archivedate=2016-10-18|deadurl=no|df=}}</ref> وی پس از [[طالبان#.D8.B4.DA.A9.D8.B3.D8.AA .D8.B7.D8.A7.D9.84.D8.A8.D8.A7.D9.86|سقوط طالبان]] و تشکیل [[دولت انتقالی افغانستان]] با حمایت آمریکا و کشورهای غربی از این حکومت و [[عملیات آزادی بلندمدت|عملیات نظامی آمریکا]] انتقاد می‌نمود و جزو یکی از نیروهای مخالف بود.
