سلطان حسین بایقرا در ۸۷۳ ه.ق پس از سلطان ابوسعید، بر هرات استیلادست یافت، اما یادگار محمد با کمک آق قویونلوها هرات را از او گرفت. سلطان حسین پس از دو سال بر یادگار محمد چیره شد و بعد از کشتن او با ایجاد ثبات نسبی و احیای رونق فرهنگی در خراسان، توانست حدود ۳۵ سال در آنجا حکومت کند.<ref>خواندمیر، ۱۳۷۲ ش، ص ۱۷۲–۱۷۴</ref> ولایات دیگر ایران، [[ارمنستان]] و [[دیار بکر]] در اختیار آق قویونلوها بود که تا ۸۸۲ ه.ق در کمال قدرت بودند. سلطان حسین چهارده پسر داشت<ref>خواندمیر، ۱۳۳۹ش، ج ۷، ص ۲۴۰–۲۴۲</ref> و پس از چندی با حملات ازبک‌ها به خراسان از سمت شمال، با نافرمانیِ پسرانش، به‌ویژه [[بدیع الزمانِ تیموری]] (حاکم قندهار) مواجه شد. سلطان حسین که به سبب بیماری نمی‌توانست با ازبکان مقابله کند، از فرستادن نیرو برای بدیع‌الزمان به منظور دفع ازبکان، خودداری کرد. با وخیم‌تر شدن اوضاع، درباریان در ۹۱۱ ه. ق، بدیع‌الزمان و مظفر حسین میرزا (پسر دیگر سلطان حسین) را به‌طور مشترک بر تخت نشاندند.<ref>بابر، ص ۱۹۰–۱۹۱</ref><ref>خواندمیر، ۱۳۳۹ش، ج ۷، ص ۲۰۲–۲۱۸، ۲۲۸، ۲۳۳–۲۳۴، ۳۰۵–۳۰۶</ref> سلطان حسین در همین سال درگذشت و چندی بعد شاهزادگان تیموری دو باره درگیر منازعات داخلی شدند. [[شیبک خان ازبک]] با استفاده از کشمکش‌های آنها، در ۹۱۳ ه.ق هرات را گرفت و به سلطهٔ دویست سالهٔ تیموریان در خراسان پایان داد. بسیاری از شاهزادگان تیموری کشته شدند و در ۹۱۴ ه.ق بدیع الزمان به شاه اسماعیل صفوی پناه برد.<ref>خواندمیر، ۱۳۳۹ش، ج ۷، ص ۳۰۷، ۳۲۷</ref><ref>روملو، ج ۱۲، ص ۱۴۲</ref> محمد زمان میرزا، فرزند بدیع‌الزمان و آخرین مدعی سلطنت تیموریان، برای احیای حکومت خاندانش تلاش کرد. وی مدتی در بلخ بود اما عاقبت به دست ازبکان افتاد.<ref>خواندمیر، ۱۳۶۲ ش، ج ۴، ص ۴۰۰–۴۰۳</ref>
هر چند جانشینان تیمور به لحاظ ساختار حکومتی وارث تشکیلاتی بودند که تیمور بر اساس سنت‌های مغولی بنا نهاده بود، به سبب نبود حکومتی متمرکز، بخصوص پس از شاهرخ، و تجزیه قلمرو تیمور در نیمهٔ دوم سدهٔ نهم، تشکیلات او نتوانست بر آن اساس باقی بماند. تفاوت اساسی در ساختار حکومتی جانشینان تیمور با خود او، رجحان دادن قوانین اسلامی بر قوانین مغولی ([[یاسا]]) بود که پس از آنکه شاهرخ، در ۸۱۵ ه.ق قوانین یاسا را لغو و فقه اسلامی را جانشین آنها کرد، رایج گردید. پس از او نیز بیشتر فرمانروایان تیموری، از جمله ابوسعید و سلطان حسین بایقرا، به رعایت سنت‌های اسلامی پایبند ماندند.<ref>ابن عربشاه، ص ۲۹۸</ref><ref>خواندمیر، ۱۳۷۲ ش، ص ۱۷۳</ref><ref>یارشاطر، ص ۷–۸</ref>
