وی از سال ۱۳۹۲ دچار ضایعهٔتومور مغزمغزی شده بود که با پیشرفت این بیماری در صبح ۲۹ تیرماه ۱۳۹۴ مجبور به [[جراحی|عمل جراحی]] سختی شد. حال بهنام صفوی بعد از عمل در ایران بسیار بهتر شده بود و حتی آلبوم جدید خودش به نام «معجزه» را هم منتشر کرد و کنسرت‌ها و اجراهای زیادی را نیز برگزار نمود. همچنین چندین تک‌آهنگ را هم بعد از عمل خود منتشر کرد، اما در سال ۱۳۹۶ دوباره بیماری وی تشدید شد و این‌بار برای درمان به [[آلمان]] سفر کرد و توسط [[پروفسور سمیعی]] در بیمارستان INI در [[هانوفر]]، آلمان، تحت عمل جراحی دوباره قرار گرفت و بعد از عمل جراحی خود در آلمان به ایران بازگشت.<ref name="asriran.com">{{یادکرد وب | عنوان=بهنام صفوی به کما رفت | وبگاه=عصر ایران | تاریخ=2015-11-24 | سال=2015 | پیوند=http://www.asriran.com/fa/news/433605/. | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2015-11-24}}</ref><ref name="asriran.com" /> بهنام صفوی در طول سالهای ۱۳۹۶ و ۱۳۹۷ درگیر درمان مجدد بود تا اینکه در تاریخ ۵ دی ماه ۱۳۹۷ حال او به وخامت کشیده شده و به مدت ۴۳ روز در بیمارستانی در تهران بستری شد. او بعد از این دوره بخاطر وضعیت آب و هوا به اصفهان آمد و با بدتر شدن مجدد حالش در تاریخ ۲۷ فروردین ۹۸۱۳۹۸ در بیمارستان میلاد اصفهان بستری شد وی بعد از ۲۷ روز بستری شدن در این بیمارستان سرانجام در تاریخ ۲۳ اردیبهشت ۱۳۹۸ و پس از تحمل شش سال بیماری در بیمارستان میلاد [[اصفهان]] درگذشت و در قطعه هنرمندان بهشت معصومه (س) [[شاهین شهر]] به خاک سپرده شد. چون خانواده بهنام صفوی در شاهین شهر ساکن هستند تصمیم گرفته شد پیکر این هنرمند والا مقام در شاهین شهر اصفهان به خاک سپرده شود.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=بهنام صفوی درگذشت- اخبار فرهنگی - اخبار تسنیم - Tasnim|نشانی=https://www.tasnimnews.com/fa/news/1398/02/23/2010348/بهنام-صفوی-درگذشت|وبگاه=خبرگزاری تسنیم - Tasnim|بازبینی=2019-05-13|کد زبان=fa}}</ref><ref>{{یادکرد وب| نشانی =https://www.khabaronline.ir/news/1259411/بهنام-صفوی-درگذشت| عنوان = بهنام صفوی درگذشت| تاریخ بازدید =۲۳ اردیبهشت ۱۳۹۸|تاریخ =۲۳ اردیبهشت ۱۳۹۸| ناشر = [[خبرآنلاین]]| زبان = فارسی}}</ref>
