در ماه آذر سال ۱۳۷۹ شمسی، [[اکبر گنجی]] روزنامه‌نگار طرفدار اصلاحات، که در کتاب پرفروش و جنجال‌برانگیز «[[عالی‌جناب سرخ‌پوش و عالیجنابان خاکستری]]»، به افشاگریطرح اتهام دربارهٔ عوامل پشت پرده [[قتلهای زنجیره‌ای]] پرداخته بود، در دادگاهی که برای محاکمه او تشکیل شده بود علناً [[علی فلاحیان]]، وزیر اطلاعات سابق ایران را شاه‌کلید قتلهای زنجیره‌ای و مصباح یزدی را محرک و صادرکننده فتوای قتل‌ها یا به اصطلاح، «مراد عالیجنابان خاکستری» خواند.<ref name="independent.co.uk" /><ref>http://www.nytimes.com/2007/01/28/magazine/28iran.t.html?pagewanted=3&partner=rssnyt&emc=rss (بازدید ۵ مارس ۲۰۰۸)</ref> همچنین در واقعه قتلهای محفلی کرمان، تعدادی از اعضای بسیج یکی از مساجد کرمان به اتهام آن دستگیر شدند و این افراد در بازجویی‌ها و در دادگاه اعلام کردند که پس از شنیدن سخنرانی محمد تقی مصباح یزدی، در یکی از مساجد کرمان به این نتیجه رسیده‌اند که از نظر شرعی وظیفه دارند افراد مهدورالدم را بکشند. مصباح یزدی طی نامه‌ای به دادگاه، صدور فتوی مشخصا برای قتل ۵ نفر در کرمان را رد کرد اما ایراد سخنرانی عمومی پیرامون امر به‌معروف و لزوم اقدام شخصی بسیجیان در اجرای امر به‌معروف را تأیید نمود.<ref>[http://www.bbc.co.uk/persian/iran/story/2008/05/080505_bd-kerman-killing.shtml آزادی تعدادی از محکومان قتلهای محفلی کرمان] بی‌بی‌سی</ref><ref>[http://www.bbc.co.uk/persian/iran/story/2004/09/040925_mf_kerman.shtml سومین محاکمه متهمان پرونده قتلهای محفلی کرمان] بی‌بی‌سی</ref><ref>[http://news.iran-emrooz.net/index.php?/news1/more/12570/m تبرئه متهمان قتلهای محفلی کرمان] ایران امروز، روزنامه اعتماد</ref><ref>[http://www.roozonline.com/archives/2007/04/003800.php زندان برای زنان آزادی برای قاتلان] روز انلاین</ref><ref>[http://www.peiknet.com/1386/09tir/24/page/32dustali.htm مجید دوستعلی از قتلهای محفلی کرمان تا دبیری هیئت دولت احمدی‌نژاد] پیک نت</ref>
