[[روگ (کمیک)|روگ]] هنگامی که پسری را می‌بوسد، پسر به کما می‌رود و او متوجه می‌شود که یک جهشی است. روگ از خانه به بیرون می‌رود و در راه به [[ولورین (کمیک‌استریپ)|ولورین]] بر می‌خورد. هنگامی که آن دو در ماشین در حال حرکت هستند [[دندان خنجری (کمیک)|دندان خنجری]] که جهشی‌ای است که برای [[مغناطیس (کمیک)|مگنتو]] کار می‌کند به آنها حمله می‌کند. در این زمان استورم و [[سیکلوپ (کمیک)|سایکلاپس]] (یک‌چشمی) از راه می‌رسند و روگ و [[ولورین (کمیک‌استریپ)|ولورین]] را نزد پروفسور [[پروفسور ایکس|چارلز اگزاویه]] می‌برند.
این فیلم داستان گروهی از جهش‌یافتگان را روایت می‌کند که در ندرسه تحت مدیریت چارلز اگزیویر ملقب به پروفسور ایکس آموزش و تربیت می‌شوند.این مدرسه شبانه‌روزی در ظاهر و در دید دولت و مردم معمولی یک مدرسه ویژه مخصوص دانش آموزان تیزهوش و برتر می‌باشد؛اما در واقع برای کودکان جهش یافته ساخته شده و به نوعی،یک پناهگاه می‌باشد.هنگامی که دختری به نام روگ با شخصی به نام لوگان همراه شده و طی اتفاقاتی به مدرسه ایکس برمی‌خورد،توسط اریک لنشر ملقب به مگنیتو شناسایی شده و ربوده می‌شود.اریک در گذشته دوست صمیمی چارلز(پروفسور ایکس)بوده و طی اتفاقاتی،کم کم از انسان ها متنفر شده و این احساس را دارد که باید جنگی میان انسان ها و جهش‌یافتگان صورت بگیرد.وی به همراه تیمی از جهش‌یافتگان هم عقیده خود(میستیک،تیز دندان و تود)یکی از نمایندگان دولت به نام سناتور کیلی را ربوده و بر روی وی که یکی از حامیان طرح "محدودیت جهش یافتگان" می‌باشد،آزمایشاتی انجام می‌دهد.پس از ربوده شدن روگ،تیم اصلی مدرسه با نام مردان ایکس باید دست به کار شده و جلوی مگنیتو و اهداف شرورانه و فوق‌العاده خطرناکش را بگیرد.و این در حالیست که لوگان هنوز هم از گذشته خود با خبر نیست و سازگاری خوبی با تیم ندارد...
در این زمان مگنتو نیز تلاش‌های فراوانی به همراه سه جهشی همراهش ([[میستیک]]، [[دندان خنجری (کمیک)|دندان خنجری]] و [[تود]]) تا به هدف اصلی خود که نابودی انسان‌ها و فرمانروایی بر زمین است برسد. آنها [[سناتور]] کیلی را می‌دزدند و او را به یک جهش‌یافته تبدیل می‌کنند ولی او فرار کرده و سپس می‌میرد.
میستیک در شکل یکی از دانش آموزان مدرسه پروفسور اکس وارد مدرسه شده و راف را فریب می‌دهد تا از مدرسه فرار کند. راف فرار می‌کند و ولورین به دنبال او می‌رود تا او را برگرداند. [[استورم (کمیک)|استورم]]، سایکلاپس، [[جین گری (کمیک)|جین گری]] و پروفسور اکس نیز می‌روند تا او را بازگردانند. از سوی دیگر مگنتو با همراهانش از راه می‌رسند و پس از یک درگیری که پلیس‌های انسان هم در آن حضور داشتند راف را می‌دزدند.
اکس من به پایگاه خود باز می‌گردند و پروفسور ژاویر سعی می‌کند تا به وسیله دستگاه خود از هدف مگنتو آگاه شود ولی دستگاه قبلاً توسط میستیک آلوده شده و موجب می‌شود که پروفسور ژاویر بی هوش بشود. هنگامی که پروفسور اکس تحت مراقبت و بستری است جین گری دستگاه را پاک کرده سعی می‌کند تا از هدف مگنتو با خبر شود. اکس من هنگامی که هدف او را می‌فهمند به سوی مجسمه آزادی حرکت می‌کنند.
سایکلاپس، جین گری، استورم و ولورین سعی در توقف مگنتو دارند ولی دندان شمشیری، میستیک و تود جلوی آنها را می‌گیرند. پس از درگیری میان آنها اکس من‌ها بر مایستیک و تود پیروز می‌شوند ولی مگنتو به وسیله آهن آنها را به بدنه مجسمه می‌چسباند. پس مدتی تلاش وولورین آزاد می‌شود و پس شکست دندان‌شمشیری بقیه را هم آزاد می‌کند. ولورین خود را به مگنتو می‌رساند و سایکلاپس با شلیک دقیق خود مگنتو را مورد هدف قرار می‌دهد. ولورین راف را رها کرده و دستگاه مگنتو را متوقف می‌کند.
هنگامی که پروفسور ژاویر به هوش می‌آید مردان ایکس متوجه می‌شوند که میستیک هنوز زنده‌است و خود را به شکل سناتور کیلی درآورده‌است. مگنتو هم در سلولی پلاستیکی (پلاستیک خاصیت آهنربایی ندارد تا مگنتو از آن استفاده کند) زندانی می‌شود ولی به چارلز ژاویر قول می‌دهد که او را شکست خواهد داد.
