محمد قوچانی در ادامه بازداشت‌های پس از [[فتنه سال ٨٨ |اعتراضات به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸]]، در بامداد روز شنبه ۳۰ خرداد توسط مأموران امنیتی بازداشت شد. حدود دو ماه پس از بازداشت قوچانی روزنامه [[اعتماد ملی (روزنامه)|اعتماد ملی]] در ۲۶ مرداد توقیف موقت شد. او سرانجام در ساعت دو بامداد جمعه ۸ آبان پس از ۱۳۱ روز بازداشت، توسط مأموران در یکی از خیابان‌های تهران، روبروی یک آژانس رها شد. برخی منابع از سپردن وثیقه ۲۰۰ میلیون تومانی توسط وی خبر دادند.<ref>{{یادکرد وب|نشانی=http://www.bbc.co.uk/persian/iran/2009/10/091030_he_ir88_ghoochani_prisoner.shtml|عنوان = محمد قوچانی، سردبیر اعتماد ملی، از زندان آزاد شد|تاریخ بازدید = ۷ آبان ۱۳۸۸|ناشر= بی‌بی‌سی فارسی|تاریخ= ۳۰ اکتبر ۲۰۰۹|زبان=فارسی}}</ref>
