=== روایتها در خصوص سرانجام فرزندان محمدی گیلانی ===
شهرت اصلی محمدی گیلانی به دلیل ماجرای اعدام دو تن از فرزندانش است؛ ماجرایی که از دو سال قبل که وضع جسمانی او رو به وخامت گذاشت، تکذیب شدهاست. برخی، بهصراحت، ادعا کردهاند که محمدی گیلانی دو فرزند خود را، که به عضویت [[سازمان مجاهدین خلق ایران|سازمان مجاهدین خلق]] درآمده بودند، شخصاً محاکمه و به اعدام محکوم کردهاست.<ref>[{{یادکرد وب |url=http://www.sedayeshia.com/showdata.aspx?dataid=5686 |title=مردانی که در آزمون «فرزند ناخلف» پایشان نلرزید<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->] |accessdate=۱۷ نوامبر ۲۰۱۰ |archiveurl=https://web.archive.org/web/20110210125230/http://www.sedayeshia.com/showdata.aspx?dataid=5686 |archivedate=۱۰ فوریه ۲۰۱۱ |dead-url=yes }}</ref><ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.mehrnews.com/detail/News/1703018 |عنوان=آیتاللههایی که به خاطر انقلاب فرزندانشان را دادگاهی کردند | ناشر =خبرگزاری مهر |تاریخ =۲ مهر ۱۳۹۱ |تاریخ بازبینی=}}</ref> این مطلب، بهصورت ضمنی، توسط [[محمود احمدینژاد]] هنگام اعطای نشان افتخار بیان شده بود:<ref>{{یادکرد وب |نویسنده= |نشانی=http://www.dolat.ir/NSite/FullStory/News/?Serv=0&Id=178553 |عنوان=رئیسجمهور در مراسم اعطای نشان درجهیک به آیتالله 'محمد محمدی گیلانی' |ناشر=دبیرخانهٔ شورای اطلاعرسانی دولت |تاریخ=۶ تیر ۱۳۸۸ |تاریخ بازبینی= |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140714145240/http://www.dolat.ir/NSite/FullStory/News/?Serv=0&Id=178553 |archivedate=۱۴ ژوئیه ۲۰۱۴ |dead-url=yes }}</ref> ''باید با افتخار اعلام کنم که آیتالله گیلانی ابتدا عدالت را در مورد خودشان اجرا کرد و بعداً منشأ خدمات ارزندهای به نظام جمهوری اسلامی و انقلاب شد. '' [[حسین شریعتمداری]] موضوع فرزند محمدی گیلانی را در هالهای از ابهام مطرح میکند و تنها به دخالت پدر در دستگیری او اشاره میکند:<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=http://www.yjc.ir/fa/news/4101275/آن-سوی-این-هیاهو-به-قلم-حسین |عنوان=تحلیل شریعتمداری از متن و حاشیه بازداشت مهدی هاشمی | ناشر =باشگاه خبرنگاران |تاریخ =۴ مهر ۱۳۹۱ |تاریخ بازبینی=}}</ref> «''آیا دستگیری فرزند حضرت آیتالله محمدی گیلانی که از قضا با دخالت خود ایشان صورت پذیرفت و اعدام وی را در پی داشت، اقدامی علیه شخصیت آن بزرگوار بود؟''»
در این مورد گفته شدهاست که در جریان اختلاف و درگیری بین سازمان مجاهدین خلق و جمهوری اسلامی در سال ۱۳۶۰، پسران محمدی گیلانی به اتهام ارتباط و فعالیت به نفع این سازمان بازداشت و برای محاکمه به دادگاه انقلاب اعزام شدند. در ادامه این ماجرا آمدهاست که محمدی گیلانی طی ساعات شب، پسرانش را محاکمه و احکام اعدام آنان را صادر کرد و این احکام به اجرا گذاشته شد.<ref name="Persian 2015" />