در اردیبهشت سال ۱۳۹۴ گزارشهایی منتشر شد که نشان میداد بغدادی در جریان حملهٔحمله ی هوایی ۲۸ اسفند ۱۳۹۳ در غرب عراق به شدت زخمی و دچار آسیب دیدگی نخاعی شدهاست. در نتیجهٔ بمباران جنگندههای [[مداخله نظامی علیه داعش|ائتلاف بینالمللی]] علیه مواضع داعش در شهرستان [[البعاج]] در استان [[نینوا]]ی عراق و در ۱۲۸ کیلومتری غرب [[موصل]]، بغدادی از ناحیهٔ مهرههای کمر به شدت مجروح، ناتوان و از هدایت عملیات روزانهٔ داعش عاجز شده بود. او در مخفیگاهش تحت درمان دو پزشک قرار داشت؛ یک زن رادیولوژیست از بیمارستان اصلی موصل و یک جراح مرد بغدادی. در آن زمان سه منبع نزدیک به داعش گفتند که زخمی شدن بغدادی میتواند به این معنا باشد که وی هرگز این گروه را مجدداً هدایت نخواهد کرد.<ref name="theguardian.com">http://www.theguardian.com/world/2015/may/01/isis-abu-bakr-al-baghdadi-incapacitated-suspected-spinal-injuries-iraq</ref><ref name="fararu.com">http://fararu.com/fa/news/231952/آسیب-نخاعی-ابوبکر-بغدادی-خلیفه-داعش</ref><ref name="tabnak.ir">http://www.tabnak.ir/fa/news/496551/گاردین-البغدادی-دچار-آسیب-دیدگی-نخاعی-شده</ref>
در روز ۱۱ اکتبر ۲۰۱۵ نیز حمله جنگندههای عراقی به یک کاروان داعش و محل نشست سران این گروه در استان الانبار عراق، تعدادی کشته و زخمی برجا گذاشت که به گفته منابع، علاوه بر زخمی شدن ابوبکر بغدادی، تعدادی از سران این گروه از جمله [[ابوعمر شیشانی]] و [[الکربولی]] کشته شدند.<ref>[http://www.irna.ir/fa/News/81795035/ البغدادی زخمی و الشیشانی، الکربولی و السوری کشته شدند] . [خبرگزاری جمهوری اسلامی(ایرنا) http://www.irna.ir]</ref>