در منابع تاریخی محل شهر جندی‌شاپور جایی حوالی شهرهایشهر [[دزفول|شوشتر]] وبیان [[شوش]] عنوان شده،<ref>[http://sh.lib.eshia.ir/40569/2/258/%D8%AC%D9%86%D8%AF%D9%89_%D8%B3%D8%A7%D8%A8%D9%88%D8% ابن حوقل، صورة الارض ]</ref> اما محل دقیق آن تاکنون مشخص نشدهشده است. [[محمدعلی امام شوشتری|محمدعلی امام]] در سال ۱۳۱۶ احتمال اینکه جندی شاپور در حوالی روستای شاه‌ابوالقاسم دزفول باشد را مطرح کرد.<ref>امام شوشتری، محمدعلی . تاریخ جغرافیایی خوزستان. </ref> این احتمال از سوی برخی نیز رد شده است. <ref>[http://jhr.ui.ac.ir/article_16501.html خدایی،محمدزمان. نگاهی نو به شهری کهن،مجله علمی پژوهشی دانشگاه اصفهان ]</ref> <ref>[https://www.cgie.org.ir/fa/news/116042 خامه یار، احمد. بقعه شاه ابوالقاسم دزفول مدفن کيست؟ مرکز جامع دایره المعارف اسلامی ]</ref>
شائبه وجود شهر کهن جندی شاپور در محل روستای شاه ابوالقاسم (شاه آباد یا اسلام آباد) که مقبره یکی از مریدان شیخ اسماعیل قصری به نام شیخ ابوالقاسم بوده است، از آن جا ناشی می شود که سیدمحمدعلی مرتضوی از منسوبان [[محمدعلی امام شوشتری|محمدعلی امام]] در محل بقعه این عارف کتیبه ای مشاهده کرد که بر آن ابیاتی منسوب به یعقوب لیث حک شده بود و چون یعقوب در جندی شاپور وفات یافته بود، فرض نمود که جندی شاپور می‌بایست در محل روستای شاه ابوالقاسم مابین شوشتر ودر دزفول واقع شده باشد.<ref>امام شوشتری، محمدعلی . تاریخ جغرافیایی خوزستان. </ref> برخی منابع این فرضیه را مبنا قرار داده اند.<ref>[http://www.ichodoc.ir/p-a/CHANGED/119/html/119_7.htm دبیری نژاد، بدیع‌الله. "جندی شاپور". دوره ۱۰، ش ۱۱۹و۱۲۰ (شهریور و مهر۵۱): ۷-۹.]</ref><ref>[https://www.academia.edu/7854304/_%D9%86%D8%A7%D9%85%D9%88%D8%A7%DA%98%D9%87%D9%94_%D8%AC%D9%86%D8%AF%DB%8C%D8%B4%D8%A7%D9%BE%D9%88%D8%B1_%D9%85%D8%B9%D9%86%D8%A7_%D9%88_%D9%85%D9%81%D9%87%D9%88%D9%85_%D8%A2%D9%86_%D9%85%D8%AC%D9%84%D9%87%D9%94_%D9%BE%DA%98%D9%88%D9%87%D8%B4_%D9%87%D8%A7%DB%8C_%D8%AA%D8%A7%D8%B1%DB%8C%D8%AE%DB%8C_%D8%A7%DB%8C%D8%B1%D8%A7%D9%86_%D9%88_%D8%A7%D8%B3%D9%84%D8%A7%D9%85_%D8%B4%D9%85%D8%A7%D8%B1%D9%87%D9%94_%DB%B1%DB%B1_%D9%BE%D8%A7%DB%8C%DB%8C%D8%B2_%D9%88_%D8%B2%D9%85%D8%B3%D8%AA%D8%A7%D9%86_%DB%B1%DB%B3%DB%B9%DB%B1_%D8%B5_%DB%B4%DB%B9-%DB%B6%DB%B2 جلیلیان، شهرام. "نامواره جندی شاپور". مجلهٔ پژوهش‌های تاریخی ایران و اسلام، شمارهٔ ۱۱، پاییز و زمستان ۱۳۹۱، ص ۴۹-۶۲]</ref>. شعر روی کتیبه به شرح زیر است:
<ref>امام شوشتری، محمدعلی . تاریخ جغرافیایی خوزستان. </ref> شعر روی کتیبه به شرح زیر است:
| valign="top" width="220" |بگرفتم از خراسان تا مُلک پارس یکسر
سطر ۵۴ ⟵ ۵۶:
| valign="top" width="220" |یعقوب لیث گویی در آن نبد نشسته
|}
دکتر احمد خامه یار پژوهشگر مزارهای اسلامی و دکتر محمدزمان خدایی پژوهشگر باستانشناسی فرضیه [[محمدعلی امام شوشتری]] را رد کرده اند. محمدزمان خدایی معتقد است که با توجه به این که شیخ ابوالقاسم ۳۰۰ سال بعد از فوت یعقوب وفات یافته و بقعه او ۸۰۰ سال بعد از فوت یعقوب توسط فتحعلی‌خان حاکم شوشتر ساخته شده و همچنین با توجه به جنس سنگ، این کتیبه نمی‌تواند به مدت یازده قرن از زمان فوت یعقوب به جا مانده و نشانه ای از مقبره یعقوب لیث و در نتیجه شهر گندی‌شاپور باشد. وی همچنین دلایل جغرافیایی در رد فرضیه امام شوشتری برمی‌شمرد.<ref>[http://jhr.ui.ac.ir/article_16501.html خدایی،محمدزمان. نگاهی نو به شهری کهن،مجله علمی پژوهشی دانشگاه اصفهان ]</ref> <ref>[https://www.cgie.org.ir/fa/news/116042 خامه یار، احمد. بقعه شاه ابوالقاسم دزفول مدفن کيست؟ مرکز جامع دایره المعارف اسلامی ]</ref>
علاوه بر روستای شاه‌ابوالقاسم دزفول برخی نیز حوالی شوشتر، شوش و اهواز کنونی را محل احتمالی شهر جندی شاپور معرفی کرده اند.<ref>[http://sh.lib.eshia.ir/40569/2/258/%D8%AC%D9%86%D8%AF%D9%89_%D8%B3%D8%A7%D8%A8%D9%88%D8% ابن حوقل، صورة الارض ]</ref> <ref>[http://jhr.ui.ac.ir/article_16501.html خدایی،محمدزمان. نگاهی نو به شهری کهن،مجله علمی پژوهشی دانشگاه اصفهان ]</ref> <ref>[http://www.ichodoc.ir/p-a/CHANGED/119/html/119_7.htm دبیری نژاد، بدیع‌الله. "جندی شاپور". دوره ۱۰، ش ۱۱۹و۱۲۰ (شهریور و مهر۵۱): ۷-۹ به نقل از سیدصفر رجبی، نگاهی به خرابه های جندی شاپور،فصلنامه تحقیقات جغرافیایی.ص ۳۹۷.]</ref> این احتمالات نیز با نقدهایی روبرو شده اند و از سوی برخی دیگر رد شده اند. <ref>[http://www.ichodoc.ir/p-a/CHANGED/119/html/119_7.htm دبیری نژاد، بدیع‌الله. "جندی شاپور". دوره ۱۰، ش ۱۱۹و۱۲۰ (شهریور و مهر۵۱): ۷-۹ ]</ref>
