* سرپرست معاونت علمی [[آستان قدس رضوی]] از اسفندماه ۱۳۹۵
* ریاست [[دانشگاه آزاد اسلامی]]:۱۳۹۷ تاکنون
== تحریم ==
۱۸ مارس ۲۰۲۰ وزارت امور خارجه آمریکا، محمد مهدی طهرانچی را به همراه ۴ نفر دیگر تحریم کرد. وی یکی از افراد متخصص اتمی بوده و در «طرح هسته‌ای آماد» فعالیت داشته و همچنان در خدمت جمهوری اسلامی می‌باشد.<ref name=":0"/>
== حقوق نجومی ==
در مرداد سال ۱۳۹۹ فیش حقوقی وی به مهر دانشگاه شهید بهشتی در فضای مجازی منتشر شد که نشان می‌داد طهرانچی ماهانه بالغ بر ۴۵ میلیون تومان درآمد داشته بوده.<ref>{{یادکرد وب|نشانی=https://baztab.ir/حقوق-نجومی-مدیران-دانشگاه-آزاد//|عنوان=وقتی حقوق‌های نجومی لای شعارهای قشنگ مدیران دانشگاه آزاد گم می‌شود|ناشر=بازتاب|تاریخ بازدید=15 مرداد 1399}}<nowiki>{{=اکتبر 2020 |</nowiki></ref>
براساس بخش نامه صادره شخص دكتر طهرانچي در مورخه 23 مهر 99 به شماره 33636/50 براي روساي دانشگاه آزاد افزايش حق مديري تا 300 درصدي و بيشتر مشاهده ميشود و با اين احتساب حقوق شخص دكتر طهرانچي به بالاي 100 ميليون تومان رسيده و جزو حقوق هاي نجومي حساب ميشود. اين در شرايطي است كه اكثر كارمندان و هيات علمي دانشگاه آزاد اسلامي به كمبود حقوق خود معترضند.
==دستور افزايش تا سيصد درصدي حقوق روساي دانشگاه آزاد اسلامي منجمله خود به علاوه مديران==
در بخش نامه صادره مورخه 23 مهر 99 به شماره 33636/50 براي روساي دانشگاه آزاد افزايش حق مديري تا 300 درصدي و بيشتر مشاهده ميشود. اين در حالي است كه اكثر واحدهاي دانشگاه آزاد اسلامي به دليل كاهش دانشجو زيان ده بوده و اكثر كارمندان و هيات علمي هاي دانشگاه آزاد اسلامي نيز حق و حقوق خود را كامل دريافت نمي دارند. اين دستور افزايش حقوق سيصد درصدي دكتر طهرانچي در شرايط فعلي دانشگاه آزاد اسلامي كه فقط ويژه خود دكتر طهرانچي و روساي دانشگاه آزاد اسلامي است كاملا در تناقض با سخنان ظاهري دكتر طهرانچي و دم زدن از عدالت و علي توسط دكتر طهرانچي است.
==بي اعتنايي دكتر طهرانچي به اعتراضات متعدد لغو مصوبه افزايش حق سرپرستي روساي واحدهاي دانشگاه آزاد اسلامي==
سازمانها و نهادهاي متعددي در كشور منجمله بسيج اساتيد كشور در نامه هاي متعددي خواستار لغو مصوبه افزايش حقوق سيصد درصدي روساي دانشگاه آزاد گرديد كه همگي بي نتيجه ماند. رئيس بسيج اساتيد كشور در نامه هاي متعددي درخواست لغو مصوبه فوق را نمود كه بي تاثير بود. پس از اقدامات پیشین سازمان بسیج استادان کشور برای لغو مصوبه جنجالی افزایش حق سرپرستی روسای واحد‌های دانشگاه آزاد و عدم اقدام هیئت رییسه دانشگاه آزاد، مجتبی زارعی رییس سازمان بسیج اساتید کشور در سومین نامه خود به رییس دانشگاه آزاد خواستار لغو مصوبه مذکور شد. وي در نامه خود نوشت: "طی دو مرحله به تاریخ بیست و هفتم مهرماه و دهم آبان ماه ۹۹ از جنابعالی درخواست کرد تا با در نظر گرفتن قاعده انصاف، اخلاق و عدالت اسلامی با قید فوریت نسبت به لغو یا دوری گزینی از مصوبه شماره ۳۳۶۳۶/۵۰ مورخه ۲۳/۰۷/۹۹ دائر بر " افزایش حقّ سرپرستی در ریاست واحد‌های دانشگاهی" اقدام فرمایید." همگي اين درخواستها توسط دكتر طهرانچي ناديده انگاشته و حقوق روساي دانشگاه آزاد اسلامي افزايش سيصد درصدي داشته است. اين افزایش 300 درصدی حقوق روسای دانشگاه آزاد به همراه حقوق خود دکتر طهرانچی در شرايطي است كه حقوق مابقي كارمندان و هيات علمي در این شرایط تورمی تنها 10 تا 15 درصد افزایش داشته است. افزايش سيصد درصدي حق روساي دانشگاه آزاد اسلامي نشان دهنده نمونه ای از بی عدالتی گسترده در طول دوره رياست دكتر طهرانچي در دانشگاه آزاد اسلامي صورت گرفته است.
