به نقل از شاهدان عيني، پيش از خروج قطار از ريل صداي انفجار مهيبي شنيده‌شنيده شده است و اين در حالي است كه تلويزيون دولتي روسيه به نقل از برخي مقامات ناشناس اعلام كرده كه در نزديكي محل حادثه يك فرورفتگي به عمق يك متر ايجاد شده استاست كه احتمال بكارگيري انفجار مواد منجره در اين حادثه را قوي‌تر مي‌كند.<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://www.farsnews.net/newstext.php?nn=8809070469| عنوان = احتمال انگيزه سياسي در حادثه قطار مسكو – سن‌پترزبورگ قوت گرفت | تاریخ = ۷ آذر ۱۳۸۸| ناشر = [[خبرگزاری فارس]]| زبان = فارسی}}</ref>. ماموران تحقيق دادستاني روسيه روز شنبه در بيانيه اي گفتند بقاياي بمبي را در محل خارج شدن قطار مسکو-سن پترزبورگ پیدا کرده اند<ref>{{یادکرد وب| نشانی = http://www.iranpressnews.com/source/069012.htm| عنوان = اروسیه؛ کشف بقايای بمب در محل حادثه قطار | تاریخ = ۷ آذر ۱۳۸۸| ناشر = ایران پرس نیوز| زبان = فارسی}}</ref>.
