در حالیکه دولت در دستگیرجستدستگیری مجدد اسکوبار به در بسته خورده بود و او نیز خیابان‌های شهر را به صحنه انتقام‌گیری تبدیل کرده بود در سال ۱۹۹۲ نیروهای ویژه ارتش کلمبیا مأمور شدند برای به دام انداختن یا ترور او آموزش ویژه ببینند و عملیات یافتن او را با جستجوی خانه به خانه آغاز کنند. او محلی پرجمعیت و شلوغ در ساختمان‌های حومه مدلین را که خودش ساخته بود برای زندگی انتخاب کرد تا جست وجوی او مشکل شود. اما نیروهای ارتش با تقسیم منطقه به مثلث‌های کوچک و با استفاده از تکنولوژی رادیویی به جست وجوی وی پرداختند. سپاسرانجام بعد از درگیری و کشمکش‌های فراوان در دوم دسامبر سال ۱۹۹۳ جنگ علیه اسکوبار به پایان رسید؛ در روز دوم دسامبر محل دقیق او شناسایی شد و نیروهای ارتش، منطقه را به محاصره درآوردند. محل اختفای او یک کافه بسیار معمولی در حومه شهر بود. نیروهای ویژه اقدام به تیراندازی به سمت او و محافظش کردند. آن دو به سمت پشت بام گریختند و با دویدن روی آن سعی کردند خودشان را به خیابان پشتی برسانند اما هر دو آنها با شلیک مأموران پلیس کلمبیا از پا درآمدند. گلوله‌ها پا، نیم تنه بالایی و گوش چپ او را زخمی کرد اما قاچاقچی فراری (اسکوبار) هنوز زنده بود. ناگهان و در بین درگیری او با شلیک تیری به سرش از پا درآمد. ماجرای قاچاقچی مخوف کلمبیا در همان لحظه به پایان رسید اما این سؤال که چه کس یا کسانی دستور شلیک نهایی و قتل اوسکوبار را دادند همچنان برای مردم این کشور بی پاسخ مانده‌است.
