در [[بیوانفرماتیک]]، از [[ماتریس فاصله]] برای نشان دادن [[فاصله]] بین دو [[دنباله]] از [[اسید آمینه]] ها و [[پروتئین]] ها استفاده می شود. از ماتریس فاصله جهت شناسایی ساختار و دنباله یک پروتئین خاص جهت مشخص کردن ساختار پروتیئن برای [[NMR]] یا [[X-ray crystallography]] بهره برده می شود .<ref>{{cite journal |author=Duquesne S, Destoumieux-Garzón D, Peduzzi J, Rebuffat S |title=Microcins, gene-encoded antibacterial peptides from enterobacteria |journal=Natural Product Reports |volume=24 |issue=4 |pages=708–34 |year=2007 |month=August |pmid=17653356 |doi=10.1039/b516237h}}</ref>
