ژنوتیپ‌یابی با توالی‌یابی

در زمینه توالی‌یابی ژنتیکی، ژنوتیپ‌یابی با توالی‌یابی یا تعیین ساختار ژنتیکی با توالی‌یابی (به انگلیسی: Genotyping by sequencing)، (که GBS نیز نامیده می‌شود)، روشی برای کشف چندریختی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNP) به منظور انجام مطالعات ژنوتیپ‌یابی، مانند مطالعات ارتباط گسترده ژنوم (مطالعه همباشی سراسرژنوم (GWAS)) است.^[۱] ژنوتیب‌یابی با توالی‌یابی از آنزیم‌های محدودکننده برای کاهش پیچیدگی ژنوم و ژنوتیپ چندنمونه DNA استفاده می‌کند.^[۲] پس از هضم، PCR برای افزایش مخزن قطعات انجام می‌شود و سپس کتابخانه‌های GBS با استفاده از فناوری‌های توالی‌یابی نسل بعدی، توالی‌یابی می‌شوند، که معمولاً سبب قرائت‌های تک پایانی حدود ۱۰۰ جفت باز می‌شود.^[۳] نسبتاً ارزان است و در اصلاح نباتات به کار می‌رود.^[۲] اگرچه GBS رویکردی شبیه به روش توالی‌یابی DNA همراه با مکان محدود (RAD-seq) ارائه می‌کند، اما آنها به روش‌های اساسی متفاوت هستند.^[۴]^[۵]^[۶]

منابع ویرایش

↑ Elshire, Robert J.; Glaubitz, Jeffrey C.; Sun, Qi; Poland, Jesse A.; Kawamoto, Ken; Buckler, Edward S.; Mitchell, Sharon E. (2011-05-04). "A Robust, Simple Genotyping-by-Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species". PLOS ONE. 6 (5): e19379. Bibcode:2011PLoSO...619379E. doi:10.1371/journal.pone.0019379. ISSN 1932-6203. PMC 3087801. PMID 21573248.
↑ ^۲٫۰ ^۲٫۱ He, Jiangfeng; Zhao, Xiaoqing; Laroche, André; Lu, Zhen-Xiang; Liu, HongKui; Li, Ziqin (2014-01-01). "Genotyping-by-sequencing (GBS), an ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding". Frontiers in Plant Science. 5: 484. doi:10.3389/fpls.2014.00484. PMC 4179701. PMID 25324846.
↑ Liu, Hui; Bayer, Micha; Druka, Arnis; Russell, Joanne R.; Hackett, Christine A.; Poland, Jesse; Ramsay, Luke; Hedley, Pete E.; Waugh, Robbie (2014-01-01). "An evaluation of genotyping by sequencing (GBS) to map the Breviaristatum-e (ari-e) locus in cultivated barley". BMC Genomics. 15: 104. doi:10.1186/1471-2164-15-104. ISSN 1471-2164. PMC 3922333. PMID 24498911.
↑ Davey, John W.; Hohenlohe, Paul A.; Etter, Paul D.; Boone, Jason Q.; Catchen, Julian M.; Blaxter, Mark L. (2011-07-01). "Genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation sequencing". Nature Reviews Genetics (به انگلیسی). 12 (7): 499–510. doi:10.1038/nrg3012. ISSN 1471-0056. PMID 21681211.
↑ Campbell, Erin O.; Brunet, Byran M.T.; Dupuis, Julian R.; Sperling, Felix A.H. (2018). "Would an RRS by any other name sound as RAD?". Methods in Ecology and Evolution. 9 (9): 1920–1927. doi:10.1111/2041-210X.13038.
↑ Vaux, Felix; Dutoit, Ludovic; Fraser, Ceridwen I.; Waters, Jonathan M. (2022). "Genotyping-by-sequencing for biogeography". Journal of Biogeography. 50 (2): 262–281. doi:10.1111/jbi.14516.

[:1-1] Elshire, Robert J.; Glaubitz, Jeffrey C.; Sun, Qi; Poland, Jesse A.; Kawamoto, Ken; Buckler, Edward S.; Mitchell, Sharon E. (2011-05-04). "A Robust, Simple Genotyping-by-Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species". PLOS ONE. 6 (5): e19379. Bibcode:2011PLoSO...619379E. doi:10.1371/journal.pone.0019379. ISSN 1932-6203. PMC 3087801. PMID 21573248.

[:0-2] ۲٫۰ ^۲٫۱ He, Jiangfeng; Zhao, Xiaoqing; Laroche, André; Lu, Zhen-Xiang; Liu, HongKui; Li, Ziqin (2014-01-01). "Genotyping-by-sequencing (GBS), an ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding". Frontiers in Plant Science. 5: 484. doi:10.3389/fpls.2014.00484. PMC 4179701. PMID 25324846.

[3] Liu, Hui; Bayer, Micha; Druka, Arnis; Russell, Joanne R.; Hackett, Christine A.; Poland, Jesse; Ramsay, Luke; Hedley, Pete E.; Waugh, Robbie (2014-01-01). "An evaluation of genotyping by sequencing (GBS) to map the Breviaristatum-e (ari-e) locus in cultivated barley". BMC Genomics. 15: 104. doi:10.1186/1471-2164-15-104. ISSN 1471-2164. PMC 3922333. PMID 24498911.

[4] Davey, John W.; Hohenlohe, Paul A.; Etter, Paul D.; Boone, Jason Q.; Catchen, Julian M.; Blaxter, Mark L. (2011-07-01). "Genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation sequencing". Nature Reviews Genetics (به انگلیسی). 12 (7): 499–510. doi:10.1038/nrg3012. ISSN 1471-0056. PMID 21681211.

[Campbell-2018-5] Campbell, Erin O.; Brunet, Byran M.T.; Dupuis, Julian R.; Sperling, Felix A.H. (2018). "Would an RRS by any other name sound as RAD?". Methods in Ecology and Evolution. 9 (9): 1920–1927. doi:10.1111/2041-210X.13038.

[Vaux-2023-6] Vaux, Felix; Dutoit, Ludovic; Fraser, Ceridwen I.; Waters, Jonathan M. (2022). "Genotyping-by-sequencing for biogeography". Journal of Biogeography. 50 (2): 262–281. doi:10.1111/jbi.14516.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]