دانش نامه ژن و ژنوم کیوتو

دانش نامه ژن و ژنوم کیوتو
محتوا
توضیح	Bioinformatics resource for deciphering the genome.
ارگانیسم‌ها	All
تماس
مرکز پژوهش	دانشگاه کیوتو
آزمایشگاه	Kanehisa Laboratories
استناد ابتدایی	PubMed
تاریخ انتشار	۱۹۹۵
دسترسی
وب‌گاه	www.kegg.jp
نشانی اینترنتی خدمات وب	انتقال بازنمودی حالت see KEGG API
ابزارها
وب	KEGG Mapper

دانشنامه ژن و ژنوم کیوتو یا به اختصار KEGG پایگاه داده‌ای مربوط به اطلاعات زیستی است که اولین بار توسط مینورور کانهیزا پروفسور در انستیتو تحقیقات شیمی در دانشگاه کیوتو در سال ۱۹۹۵ همزمان با پروژه ژنوم درست شد.^[۱]^[۲] به منظور استفاده از تحلیل کامپیوتری برای تفسیر نتایج حاصل از پروژه ژنوم مینورور کانهیزا شروع به ساخت KEGG patheay کرد. در این پایگاه داده توسط دانش بدست آمده از آزمایش‌های مختلف، نقشه و مسیرهای متابولیکی ترسیم شده‌است و همچنین تعدادی عملکرد سلول و ارگانیزم‌ها نیز به صورت جزئی به تصویر کشیده شده‌است. در هر نقشه شامل یکسری واکنش بین بیومولکولهای مختلف می‌باشد که طوری طراحی شده‌است که از این نقشه می‌شود اطلاعاتی راجع به ژن‌ها و پروتئین‌های دخیل در آن آگاهی یافت. در این دیتابیس می‌توان مسیرهای مختلف را با هم مقایسه و و تحلیل کنیم و به‌طور کلی از آن‌ها اطلاعات سودمندی استخراج کنیم.

بر طبق نظر سازنده، KEGG به صورت یک «کامپیوتر ارائه دهنده» سیستم‌های بیولوژیکی می‌باشد.^[۳] این دیتابیس به صورت فعال دیاگرام‌ها و واحدهایی متصل به هم را ایجاد می‌کند، که به‌طور مخصوص دیاگرام‌هایی برای ژن‌ها و عملکرد پروتئین‌های مرتبط، واکنش‌های بین مولکولهای مختلف و ایجاد یک شبکه مرتبط به هم می‌باشد.^[۴]

منابعویرایش

↑ Kanehisa M, Goto S (2000). "KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes". Nucleic Acids Res. 28 (1): 27–30. doi:10.1093/nar/28.1.27. PMC 102409. PMID 10592173.
↑ Kanehisa M (1997). "A database for post-genome analysis". Trends Genet. 13 (9): 375–6. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. PMID 9287494.
↑ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M (2006). "From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D354–7. doi:10.1093/nar/gkj102. PMC 1347464. PMID 16381885.
↑ Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M (2014). "Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D199–205. doi:10.1093/nar/gkt1076. PMC 3965122. PMID 24214961.

[pmid_10592173-1] Kanehisa M, Goto S (2000). "KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes". Nucleic Acids Res. 28 (1): 27–30. doi:10.1093/nar/28.1.27. PMC 102409. PMID 10592173.

[pmid_9287494-2] Kanehisa M (1997). "A database for post-genome analysis". Trends Genet. 13 (9): 375–6. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. PMID 9287494.

[pmid_16381885-3] Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M (2006). "From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D354–7. doi:10.1093/nar/gkj102. PMC 1347464. PMID 16381885.

[pmid_24214961-4] Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M (2014). "Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D199–205. doi:10.1093/nar/gkt1076. PMC 3965122. PMID 24214961.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]