در اين دوره كه فاصله دي‌ماه 1342 تا آذر 1344 را تشكيل مي‌دهد، فضاي كنفدراسيون به [[راديكاليسم]] گراييد. سركوب خونين قيام پانزدهم خرداد و پرآوازه شدن راه انقلابي كه در [[الجزاير]] و [[كوبا]] به پيروزي رسيده بود، باعث شد كه در كنگره سوم خواست اجراي [[قانون اساسي]] به خواست سرنگوني حكومت تغيير يافته و «قاطعيت انقلابي يگانه راه آزادي و استقلال» تشخيص داده شود. كنفدراسيون در كنگره چهارم رفراندوم [[انقلاب سفيد]] و اصطلاحات ناشي از آن را غيرقانوني اعلام كرد و تجارت آزاد را سياست [[قرون وسطاييوسطا]]يي ناميد و مدل [[اروپاي شرقي]] را الگوي مناسب [[اقتصاد]] معرفي كرد. برخي از نيروهاي كنفدراسيون سازمان انقلابي [[حزب توده]] را با مشي مائوئيستي[[مائوئيست]]ي و براي مبارزه مسلحانه گرويدند. در همين دوره بنيان‌گذاران كنفدراسيون كه از هواداران خليل ملكي بودند كنفدراسيون را در اعتراض به انحراف از مشي صنفي و غلبه مشي سياسي بر آن ترك گفتند.<ref>ماهنامه انديشه پويا، سال پنجم، شماره 34، ارديبهشت 95، پرونده ويژه سالگرد تاسيس كنفدراسيون جهاني دانشجويان ايراني</ref>
'''كنفدراسيون، سازمان ضد امپرياليستي'''
در اين دوره يعني فاصله سال‌هاي 1344 تا ارديبهشت 1347، تقويت نفوذ چپ در كنفدراسيون ادامه داشت. در دوره‌هاي پيشين هيات دبيران در انحصار [[جبهه ملي]] بود اما در كنگره‌هاي پنجم و ششم سهم سازمان انقلابي به دو دبير افزايش يافت. در اين دوره جبهه ملي اروپا و آمريكا درگير انشعاب به دليل ماركسيست شدن اكثر اعضا شد. بناباين سياست‌هاي كنفدراسيون ملغمه‌اي بود كه از نگاه مائوئيستي سازمان انقلابي و نگاه جناح ماركسيست شده جبهه ملي، به گونه‌اي كه در كنگره هفتم، كنفدراسيون، نهادي ضد امپرياليستي،[[امپرياليست]]ي، دموكراتيك و خلقي اعلام شد. البته سكون فعاليت سياسي در داخل كشور دامن كنفدراسيون را نيز گرفت و تعداد اعضاي آن در سال 1345 كاهش يافت. با اين حال، كنفدراسيوني‌ها هنگام سفر [[شاه]] به [[آلمان غربي،غربي]]، چنان اعتراضات وسيعي به راه انداختند كه تاريخ‌ساز شد يعني يك دانشجوي آلماني در جريان اعتراضات كشته و كنفدراسيون پيوند محكمي با جنبش آلمان يافت.ماهنامه انديشه پويا، سال پنجم، شماره 34، ارديبهشت 95، پرونده ويژه سالگرد تاسيس كنفدراسيون جهاني دانشجويان ايراني
